自己解決したようなので、解決策を報告しておきます。

  まず、「ゴミ箱の実体はどこだー」ということで、ググってみると。

○ゴミ箱の実体は・・・

　/home/ユーザ名/.local/share/Trash/
　に存在するらしいことが分かりました。
ファイル実体は、
　~/.local/share/Trash/files/
情報は、
　~/.local/share/Trash/info/

　そこで、rootでログインして、Nautilusで、「表示」「隠しファイルを表示する」
として、上記のフォルダからファイルを削除することで、解決でした。

　そもそも、なぜこんなことになったのか、ということですが。
　ubuntuを導入して間もないころで、ありがちな話ですが、共用フォルダとか、アクセス
権限のことが良く分かって無かったので、こんなことになってしまいました。

   具体的には、、、
　詳細は忘れましたがjavaをインストールする時に、sunのサイトからダウンロードして、
　/usr/javaにファイルを置いて、他のユーザ名でログインしても共用できるようにしよう
とおもい、sudoで何かやっていて、
root権限でしか更新できないファイルをユーザのゴミ箱にすててしまったわけです。

　お騒がせしました。してないかな。