VirtualBoxにはWindowsXPがインストールされている前提で書かせていただきます。
#VirtualBoxは仮想PCを提供するアプリケーションですので、単体では動作しません。

VirtualBoxを起動して、WindowsXPを起動すると、「デバイス」というメニューがあります。
その中に、「CD/DVD-ROMのマウント」という項目がありますので、インストールしたいアプリケーションのCD-ROM、またはDVD-ROMをドライブにセットしてから、該当するドライブを選択して、WindowsにCD-ROM、またはDVD-ROMをマウントしてください。

以降は、通常のWindowsと同様にインストールを行います。

Wineの場合には、UbuntuでCD-ROMをマウントし、端末を起動して、インストーラのあるフォルダに移動して、以下のコマンドになると思います。
※インストーラはsetup.exeを想定しています。
wine setup.exe

例えば、CD-ROMが/media/cdromにマウントされる場合には、以下の手順でしょうか。
※インストーラはCD-ROMのルートにsetup.exeという名前で入っているとします。

1.端末を開く
2.cd /media/cdrom
3.wine setup.exe

wineでの動作は、必ずしも正常に動作するわけではないので、モノによっては失敗することもあるようです。
特に、ゲームなどのハードウェアを直接制御するようなもの、それに類する動きをするものは、あまり成功しないのではないか、と経験上思っています。

マウントというのはカンタンに説明してしまえば、CD-ROMやDVD-ROM、HDD、USBメモリなどの「ドライブ」に相当するものをOSに認識させることです。

語源はワタクシも解りませんが、コマンドがmountコマンドというものを使っているので、そのままマウントと言われています。
#この辺は識者の回答があれば。

Ubuntuの場合、大抵のものは自動でマウントされるので、あまり意識する必要はないとは思います。
CD-ROMを入れると、自動的にデスクトップにアイコンが出ますよね？これが自動マウントの結果です。

VirtualBoxでも、Ubuntu側にCD-ROMがマウントされた時に自動的にマウントされるように設定できたような気がしますが、利便性を考えると、自動にしない方が使い勝手がよいように思います。
#最初に環境整える時は面倒かも知れませんが。

VirtualBoxは、結構優秀なアプリケーションで、USBプリンタなんかも認識して使えるようになったりします。
一時期、Ubuntuにドライバがないプリンタを使うのに、VirtualBoxから印刷したりしてました。

完全にWindowsアプリケーションを切り捨てるわけにも行かないのなら、VirtualBoxとWine、適材適所で使って行ければよいのではないか、と思います。

mountについてですが、既存のディレクトリーツリーに対し、mount(据え付ける、はめ込む）という意味だと勝手に思ってます。

donbe による投稿:

データベースの方はｗｉｎｅで動きそうなので,これで完全に動いてくれると,xpのサービスが切れても安泰で,実にほっとします.何しろ15年分のデータが入っているので,入れ替えるとなると,うんざりです.

今後どういうデータベースの利用形態をとるのかは、わかりませんが、Wine上で無理に動かさず、仮想マシン上にWindow環境を構築してデータベース運用されたほうが良いのでは無いでしょうか？それか、そのデータベースエンジンがオープンソースのものでLinux環境上にもあるのであれば、データ自体をLinux環境上のデータベースエンジンに乗せかえるとか・・・

大事なデータをWineに委ねるのはちょっと危険な香りがプンプンします。