下記のようなツールがないことはないですが，Ubuntu用のdebがないので，ソースからのコンパイルが必要なようです(debian用のdebはありますが「混ぜるな危険」かと…)。

Defrag - Linux filesystem defragmenter

ただ，下記のような状況ですので，あまり神経質になる必要はないと思います。

Linuxとデフラグ

　IPA のレポートを読みましたが、フラグメンテーションが問題になるのは、どちらかというとデスクトップ機よりサーバ機になりそうな気がします。
　レポートのデータの前提が高負荷同時ディスクアクセスですから、デスクトップ機でのパフォーマンス低下はほとんど気がつかないレベルだと思いますが。

正確にいうと，参照したサイトのWindowsに関する説明は，XPやVistaには当てはまらないそうです。デスクトップ用途のLinuxの場合，１年後には新しいバージョンに入れ替えている可能性が高いので，事実上，デフラグする必要はないと思っていいのでは？

僕は，ここ数年間，ほとんどLinuxだけしか使っていませんが，デフラグしたことはないし，その必要性を感じたこともありません。調子が悪かったら，インストールしなおせばいいと開き直っているということもありますけど。

重要なデータだけは，ファイルサーバーに退避させています。