書き込みありがとうございます。
ファイルシステムですが、/etc/fstabで確認しましたら下記のようになっておりました。

# /etc/fstab: static file system information.
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
proc           　　 /proc          　　 proc    defaults        　0      　　 0
# /dev/sda1
UUID=*******************  /           ext3    relatime,errors=remount-ro 0       1
# /dev/sda5
UUID=************ none            swap        sw              0       0
/dev/scd0       /media/cdrom0   udf,iso9660 user,noauto,exec,utf8 0       0
/dev/scd0       /media/floppy0  auto    rw,user,noauto,exec,utf8 0       0

これを見る限りファイルシステムは ext3 なっていると思います。
私もあれからずっと調べているのですが、初心者ということもあり原因はいまだ不明です。。

お世話になります。
覚えている範囲で書かせていただきます。
機種はThinkpad x61です。
xp　pro がプリインストールされていました。

最初はxpの上にubuntu8.04をインストールしました。（DVDにisoイメージを焼いて外付けのDVDドライブから）
パーティションを選択する画面では、デュアルブートするつもりはありませんでしたので、【ディスク全体を使う】を選択。
その後、暫く現状と同じような使い方をしておりました。その当時のパーミッションがどうなっていたかは覚えていません
が、少なくともエラーは出ませんでした。

8.10がリリースされ、アップグレードではなくisoイメージを焼いたDVDから再びインストールをしました。
パーティションを選択する画面では同じく【ディスク全体を使う】を選択。
その後は画面に従ってインストールを完了させました。

インストールが完了した後は、updateを行い、compiz-config-manager　と timevault（ﾊﾞｯｸｱｯﾌﾟｱﾌﾟﾘ）をインストール
して再起動をするとアラートが出るようになったような気がします。

追加でmountしているパーティションの一覧を載せます。

/dev/sda1 on / type ext3 (rw.relatime,errors=remount-ro)
tmpfs on /lib/init/rw type tmpfs (rw,nosuid,mode=0755)
/proc on /proc type proc (rw,noexec,nosuid,nodev)
sysfs on /sys type sysfs (rw,noexec,nosuid,nodev)
varrun on /var/run type tmpfs (rw,nosuid,mode=0755)
varlock on /var/lock type tmpfs (rw,noexec,nosuid,nodev,mode=1777)
udev on /dev type tmpfs (rw,mode=0755)
tmpfs on /dev/shm type tmpfs (rw,nosuid,nodev)
devpts on /dev/pts type devpts (rw,noexec,nosuid,gid=5,mode=620)
fusectl on /sys/fs/fuse/connections type fusectl (rw)
lrm on /lib/modules/2.6.27-7-generic/volatile type tmpfs (rw,mode=755)
securityfs on /sys/kernel/security type sucurityfs (rw)
binfmt_misc on proc/sys/fs/binfmt_misc type binfmt_misc (rw,noexec,nosuid,nodev)
gvfs-fuse-daemon on home/【ユーザー名】/.gvfs type fuse.gvfs-fuse-daemon (rw,nosuid,nodev,user=【ユーザー名】

ハードディスクをフルフォーマットしてubuntu8.10をインストールしなおしてみました。
その後、色々と環境をいじっていますがアラートは出なくなりました。
パーミッションの設定も大丈夫のようです。
直接的な原因は分かりませんが無事解決できました。ありがとうございます。