私の8.04の環境ですが、テンキーのEnterキーは普通に問題なく動きます。
ただ、Anthyの確定については、Demmie 様と同様、テンキーのEnterキーは機能しません。
# 今やってみて初めてその事実に気づきました。（普段テンキーのEnterは使わないので）

とりあえず以下のようにして解決してみました。(本当にこれで良いのかあまり自信はありません。)

1. Anthyの設定画面の キーバインドのタブで、「確定」を選びます。
2. 「キーを設定」ボタンを押します。
3. 「キーコード」の右隣の 「...」ボタンを押します。
4. ダイアログ上でそのまま、テンキーのEnterキーを押します。
5. 「キーコード」にKP_Enterが入ったのを確認し、「追加」ボタンを押します。
6. 「OK」ボタンを押します。

なお、私の環境では、keycodeは一切いじっていませんので、Demmie 様の"keycode 108=Enter"の設定が上記にどう影響するのか、留意されたほうがよいかと思います。