以下の構成のマシンにUbuntu8.10 x64版を導入しています。
おおむね動作に問題はない、というよりx86版より快適に感じるくらいなのですが、動画再生で困った状態となっています。

・母体：HP ML115 (CPUをAthlon64 x2 4450eに換装)
・メモリ：4GB
・VGA：ATI RADEON HD 3450 (256MB)

このマシンで動画(mpeg2/mpeg4で確認)を再生した場合、音も映像も正しく再生されてはいるのですが、画像が激しく「まばたき」しているような状態になります。垂直同期が合っていないテレビを見ているような状態ですね。
とりあえず、標準の動画プレイヤー、vlc、mplayerで確認しましたが、いずれも同様です。追加しているプラグインは以下のとおりです。
・GStreamer ffmpeg video plugin
・GStreamer extra plugins
・GStreamer plugins for mms, wavpack, quicktime, musepack
・GStreamer plugins for aac, xvid, mpeg2, faad
・GStreamer fluendo MPEG2 demuxing plugin
・GStreamer Dirac video plugin

ATIのドライバに依存する問題かともお思いましたが、Firefox上でのyoutubeやニコニコ動画の再生には問題が見られませんので、ドライバ以外に原因がある可能性も捨てきれない状態です。
利用しているドライバは、プロプラの最新版です。

同様の事象が確認される方、あるいはATIのプロプラドライバを使ってもこうした事象が出ていないという方、お話をお聞かせください。