質問や要望の回答ではまったくないのですが。

個人的には、HOMEの直下にファイルを作成することがあまりなく、大抵、作業に必要なフォルダを別途作成して、そちらをカレントにして作業しています。
そのため、HOMEに各種設定ファイルがあっても、誤って削除するような事態に陥ったことがありません。
これはGUI操作時も、端末操作時も同じで、そのため、Nautilusから、指定フォルダをカレントにして端末を開く機能は重宝しております。

イメージとしては、ワタクシの場合、HOMEはWindowsで言うところのC:\や、各ドライブのルートのイメージであり、その直下にファイルを作成する、ということはあまりないのではないかな、と。
昔々の話ですが、MS-DOSだと、ルートに作成できるファイル数に制限があり、多くのファイルを作成する場合には、ディレクトリを切って、その中に作成しないと、すぐにHDDにファイルを作成できなくなる、なんて時代がありました。
なので、ワタクシの場合には、そういうイメージ、そういう操作をしているわけですが。

一方で、HOMEフォルダは、ユーザーに開放されているものであり、そこには自由にファイルを作成する領域であるのだから、隠しフォルダや隠しファイルで、アプリケーションの設定ファイルなどを置かないで欲しい、という要望も、なるほどな、とも思います。

使い方で回避出来る問題ではありますが、意識して回避しなくてもよいことであるならば、意識せずに使えるようになっていた方がよいのは事実かと。

ただ、ワイルドカードで隠しファイルって、そう簡単に指定できましたっけ？
なんか端末からまとめて設定ファイルをコピーしようとして、ワイルドカードの指定に苦労したような覚えが。(^^;
まあ、これも昔の話ですけど。

hellfire による投稿:

じゃあ，この投稿は無意味かというと，そうではないと思います．

ワタクシも無意味とは思いません。
万人に受け入れられる設計は困難かも知れませんが、誤操作を避ける設計/仕様、その提案は重要ではないでしょうか。

hellfire による投稿:

ワイルドカードで，*を先頭につければrmで削除は可能ではなかったでしょうか？例えばですが，

コード:

$ rm -r *.log
$ rm -r *.jpg

(上記二つのコマンドを同時にではありませんが)
とか？rmコマンドの-rの意味がわからず使えば，消せると思うのですが…．

で、試してみましたが、例えば、.hoge.jpgと.hoge.logファイルがフォルダに存在する場合、上記コマンドでは削除出来ませんでした。

$ rm -r .*.log
$ rm -r .*.jpg

というように、明示的に隠しファイルである「.」を先頭に付けないと削除はされないようです。
とまあ、最低限、誤ってファイルを削除することがないようにはなってるみたいですね。

Bash の規則に
パターンをパス名展開に使うときは、
　名前の先頭やスラッシュの直後の ``.'' は明示的にマッチさせなければなりません。
　ただしシェルのオプション dotglob が設定されている場合は例外です
　”.” と ”..” は常に無視されます
とあります。

例：
　$ ls ＊
では、ドットファイルは、 表示されません。

どんなディレクトリに置いても問題の本質は変わらないと思いますが、どうしても不安
というならドットファイルを安全だと思うディレクトリに移してシンボリックリンクを
張ったらよいのでは？
シンボリックリンクなら間違って消してもまたリンクを張り直せばよいですから。

$HOME/.* は所詮設定ファイルなので個人的なファイルを消去してしまうことよりもずっと
ダメージは少ないと思います。
ちなみに zsh だとデフォルトで rm -rf * を実行すると本当に消すかどうかの確認を
要求されます。 rm -f hoge.* とやるつもりが rm -f hoge. * とやったりする事故を
防げます。

hellfire による投稿:

では，Nautilusからではどうでしょうか？

これは私の経験からなのですが，私がUbuntu初心者だった頃は，よく分からずに，Nautilusでホームディレクトリの隠しファイルが生成される度に消していました．何か自分が知らないファイルができあがっていると，気持ち悪いということから起こした行動でした．今になってみれば，よくあんな危険な行動を起こしたものだと思えます．しかし，システム全体に影響を与えないとはいえ，こういう行動が部分部分のトラブルへと発展すると思うのです．

Nautilusのデフォルト設定では隠しファイルは表示されません。隠しファイルを操作するためには明示的に設定を変更する必要があります。
設定を変更している時点で「隠しファイルを操作する意志がある」ということですので、その先のオペレーションミスまではシステムでフォローする部分ではないと思いますがどうでしょうか。