pythonのようなポピュラーかつ影響度の大きなソフトウェアは下位互換性に関してもしっかり吟味された上でリリースされています。古い仕様に関する警告が出ていることはあっても大きな問題となることはまずないでしょう:)

収録ディストリでも当然ローカルなQAは通って出されているはずです。

また、御存知かと思いますが、Debian系では複数のリビジョンのソフトウェアの共存が可能です。

# RPM系のディストリは今はどうだろう....私はこういう共存不可の仕掛けが嫌になってRedHat
# 系のダメなパッケージ管理に見切りをつけたんですが:P

また特定のpythonリビジョンに依存したパッケージは明示的にそれをを使うように作成されているでしょうね。