Abort installtion of JDK documentation
dpkg : sun-java6-doc の読み込みエラーです (--configure): と出ました。

一体Emacsのどこからsun-java6-docが出てきたのかよく分かりませんが、問題があればaptを使ったときに文句をいうと思うので気にしなくてもいいかと。必要なければ外しておけばいいのでは。

Emacsを使うのが初めてであればemacs-snapshot-gtkパッケージを利用するとgtkになるので見た目上の違和感が少なくなります（アンチエイリアスはかかりませんけど）。まあ、一般的な違和感については焼け石に水といったところでしょうけど。