ありがとうございます。
無事、解決できました。

hito による投稿:

基本的には以下のどちらかになります。

a)
/etc/network/interfacesの該当インターフェースに

「post-up (設定に使うコマンド;ethtoolなりmiiなり)」
を書く。

設定に使うコマンド、の部分はコマンドラインで特定の動作モードを指定するためのものが入ります。

b)
インターフェースの設定を固定するinitスクリプトを書き、それを起動時に
自動キックさせる。

http://www.cyberciti.biz/tips/howto-linux-add-ethtool-duplex-settings-permanent.html