本件、これまでに、１００件以上の閲覧があるにも関わらず、解決策の投稿が無いので、私だけではなく多くの方が同じ問題を持っているかもしれないけれど、日本語フォーラムでは解決策が知られてようですね。

そこで、ubuntu の本家のフォーラムで 単純に'title bar problems"で調べたところ、同じ問題に困っている人がいて、解決策にヒントを与えてくれた投稿がありました。

そもそもの原因はわかりませんが、System -> Preferences -> Appearence -> Visual Effects (私のシステムは英語版のubuntuを入れましたので英語で申し訳ありませんが、日本語版も多分同じようになっていると思っています）で、真ん中の"Normal" という選択になっているのが悪さをしているようです。この選択から一番上の"None"にしてClose をクリックをするとVisual Effects が無効になるようです。で、ウインドウをいくつか出して調べたところ、問題は解決したように思えます。

念のため、System -> Preferences -> Windows で ”Select windows when the mourse moves over them“をクリックして、カーソルをウインドウに置いただけでそのウインドウを選択するというモードでも調べたところ、問題は出ないように思えます。

完璧なテストをしたわけではありませんので，何とも言えないのですが、とりあえず、私自身が投稿した問題は消えたようです。これをご覧になった方で同じ問題を持っているならば、上述のようなことで問題が解決するかどうか調べていただき、投稿願えれば、と思います。

もし、私が推察した通りだとすると、私が問題と思ったことは実は Visual Effects で予定されていたことなのかもしれません。もしそうでなければ、これは単純にバグということになりますが…

Ubuntu 8.10(x64) Geforce 7600GSで使用しており、同様の現象がでてました。
khiroakiさんの言われた、Betaドライバ(180.17)にしたところ今のところ現象は発生しなくなりました。
（長く使っていないので完全に解消されたか確信ありませんが）
ドライバのインストールはこちらを参考にしました。
http://forum.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=3695

takechan による投稿:

まずnvidia-glx-newをアンインストールしてください。その後必要なものを入れます。
sudo aptitude install build-essential linux-source linux-headers-`uname -r` xserver-xorg-dev

端末からを停止させます。
sudo /etc/init.d/gdm stop
停止して何も画面が出ないときはCTL+ALT+F2でコンソール切り替えます。切り替えてログインしたら
sudo sh NVIDIAｰLinux-x86-177.82-pkg1.run

指示にしたがってYESを押して最後にxorgを書き換えますか？って聞かれるのでそれもYES

もともとリリース版のドライバがインストール済みでしたので、xorgの書き換えはやらなくていいかもしれません。

おまけ、x64版のダウンロード先
http://www.nvidia.com/object/linux_display_amd64_180.17.html