#2 を投稿した roosy ですが.....
状況が少し変わりましたので、再度投稿します。

端末コンソールでルートになって gedit を起動すると下のエラーメッセージが３３回も繰り返されるのは相変わらずですが、SCIM　は立ち上がり日本語入力が出きるようになりました。
（昨日はできなかったのに）
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GConf エラー: 設定サーバ (gconfd) との接続に失敗しました: いくつか発生する可能性として、ORBit の TCP/IP ネットワークを有効にしていない、あるいはお使いのシステムで古い NFS のロックがクラッシュを引き起こしたことが考えられます。これに関連する情報については http://www.gnome.org/projects/gconf/ を参照して下さい (詳細 -  1: セッションへの接続に失敗しました: Did not receive a reply. Possible causes include: the remote application did not send a reply, the message bus security policy blocked the reply, the reply timeout expired, or the network connection was broken.)
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しかし！
コンソールから  sudo gedit を行った場合は、やはり scim は立ち上がりません。

Ubuntu8.10 が正常に動く別のPCから
/root の　.anthy  .gconf  .gconfd  .scim 
を持ってきて上書きコピーするという荒療治を行ったせいかもしれません。

CMasami による投稿:

解決にはなりませんが、アプリケーション起動 (ALT+F2) でダイアログボックスを出して、
gksu gedit
ではどうですか？

rossy です。アドバイスをありがとうございます。
残念ながら scim　は立ち上がりません。

knxg9001 による投稿:

$ sudo gedit で起動後、右クリックメニューの入力メソッドで"SCIM Bridge Input Method" 又は "SCIM Input Method"を選択して下さい。
この方法で対処はできると思います。（ちゃんとした解決方法ではないと思います。上部パネルのSCIMのキーボードのアイコンが２つになります。）

rossyです。
確かにこのどちらからでも日本語入力ができるようになります。
とりあえずは、この方法で対処したいと思います。
ありがとうございました。