あれからやってみましたが、私の環境ではどうにも文字化けしないです。
（済みません、上で書いた予想は外しているかもしれません。）

気になる事と言えば、

jdk1_5u17ってどこからインストールされましたか？

あとは、簡単な日本語のHello World!のサンプルを作ってみて、それで文字化けしますか？
そのサンプルで文字化けすれば、根本的にeclipse自体の環境が何かがおかしいのでしょう。

以下私が行った手順を参考までに書きます。
※今回は動作を見るだけなので、ライブラリ(*.so)やJavaのライブラリ(*.jar)の場所は適当にやってます。

http://mecab.sourceforge.net/ を参考に
mecab(mecab-0.97.tar.gz)
mecab-java(zxfv mecab-java-0.97.tar.gz)
mecab-ipadic(mecab-ipadic-2.7.0-20070801.tar.gz)
をダウンロードしておく。

# 私はsun-java5-jdkだけじゃなくて、sun-java6-jdk も入れてみました
sudo apt-get install build-essential eclipse sun-java5-jdk sun-java6-jdk

# mecab の設定
cd
tar zxfv mecab-0.97.tar.gz
cd mecab-0.97
./configure
make
make check
sudo make install
sudo ldconfig

# 希望のjavaを選択していることを確認
sudo update-alternatives --config java
もしくは単純に
java -version
javac -version

なお、sun-java5-jdkでは当初、実行時に java.lang.UnsupportedClassVersionError: Bad version number in .class fileというエラーで動かなかったので、結局、sun-java6-jdkを使いました。
後で調べたら、私の環境ではsun-java5-jdkについては、update-alternativesを使って切り替えると、javaとjavacのバージョンが混在しおかしな状態なることが分かりました。結局それを回避するには、無理やりPATHを変えてやることで対処しました。

# mecab-java の設定
cd
tar zxfv mecab-java-0.97.tar.gz
cd mecab-java-0.97
make clean
make

# mecab-ipadic の設定
cd
tar zxfv mecab-ipadic-2.7.0-20070801.tar.gz
cd mecab-ipadic-2.7.0-20070801
./configure --with-charset=utf8
make
sudo make install

4) java実行(端末)
cd
cd mecab-java-0.97
export LD_LIBRARY_PATH=`pwd`
java test

5) Eclipse実行
1. Javaプロジェクトを新規作成
2. mecab-java-0.97フォルダをプロジェクトにインポート
3. メインクラスにtestを指定し、LD_LIBRARY_PATHに mecab-java-0.97のパスを設定
4. Java実行


p.s. mecabって非常に面白いですね。

最後の編集者: STGSAGWAN (2009-01-18 23:35:25)

ご返信有難うございます。
谷口です
手順を参考に構築してみましたところ
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/ja/download.html
の
5
でも
http://java.sun.com/javase/ja/6/download.html
の6
でも大丈夫になりました。
やはりeclipse（起動時）の問題だったようです。

元々
スクリプト経由で、eclipseを起動してたんですが、どうもその途中で、文字コードがおかしくなっているようだったので、
スクリプトをはずして、
直接
/home/norio/tools/eclipse3.2/eclipse  -vm /usr/local/jdk/bin/java
で、起動するようにしたところ、
文字化けしなくなりました。
アドバイスありがとうございました。

すいません自作ですので、他の方は、大丈夫だと思います。
ありがとうございました。