少し前にも類似の話が出ていたのですが、ここを参考にしていただいた上でまずは情報をいただけませんか。

http://forum.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=409

概ね次のような情報です。

$ iwconfig
$ ifconfig
$ route
$ cat /etc/resolv.conf

もしグローバルIPが無線LANを使った端末に与えられている場合は、伏せてくださいね:)

別環境ではあっさりとつながったということですが、認証方法が違うのではないかという気もします。
なので大学のネットワーク管理者とも御相談いただかないといけない部分があるかと思います。

# つながっても透過Proxyとかあれやこれやの問題はあるかも知れず。

> 設定を変更せずに再起動を何度かしたところ無事に接続

原因不詳ながら私も接続の不安定で悩んでいたのですが、 /etc/network/interfaces に無線LAN関係の設定があるとGUIでの接続ツールと干渉を起こすようです。起動時に自動接続を行うような設定をGUI上で行っても、interfacesに何か書き込んでしまうことがあります（その場合、gksudoなどでユーザのパスワードを聞いてくるので判ります）。

もし、再起動の間にinterfaces設定ファイルを触っていたのだとしたら、無線LAN関係の設定をどこかで削ったためGUIでの接続ツールでうまくいくようになった、というのが顛末ではないかと思います。

ともあれ、解決して何より。
gyaoは私のところでも何度かがんばってみたんですが今のところダメですね。悔しい。

gmaxさん、anoirさん

ありがとうございます。
Network Manager Appletを使って接続しているので早速コメントアウトします。
本当にありがとうございました。