「コマ落ち」かどうかこの内容からは良く分かりません。
どのような現象なのか説明してみてください。

一般的に「コマ落ち」というのは、

・本来再生されるべきフレームが再生されないことで、動きの途中の部分が飛んでしまい、動画が「かくかく動く」状態を指します。

が、お手元のものはそういう状態なのでしょうか？

「今まで」と「今」でお使いの環境に何か違いはあるのでしょうか？

mplayer は動画再生ソフトの中でも最も動作が軽いソフトです。
totem や vlc では再生のカクつく動画でも、mplayer を使うと
滑らかに再生できることが多々あります。
例えば、 Let's note T2 (Pen. M 1.1 GHz) で下のサイトにある　
http://www.aquageographic.com/hdgallery/
HD サイズ(1280x720（720P)) の H.264 の動画を再生してみた
ところ、　vlc 0.8.6e ではカクつく現象が発生しましたが、mplayer
では問題無く再生できました。

vlc のバージョンアップや設定次第で多少改善する可能性は
あるかもしれませんが、お使いの PC のスペックでは問題の
ファイルを vlc で滑らかに再生するのは無理かもしれません。

問題解決になっていなくてすみません。
（フレームレート 120 ってすごいですね）