説明不足でしたすみません。
ファイルの中身は問題なく出力されるので、データの破損では御座いません。
WindowsからShift-JISのtxtファイルを転送した時に、ファイル名の２バイト文字のみ文字化けしてしまいます。
ファイルを開くと、ファイル内の２バイト文字は化けずにちゃんと表示されます。
ubuntuでのファイル名のエンコーディング形式は何でしょうか？
ファイル名のエンコーディングとファイル内の文字エンコーディングの形式は異なるのでしょうか？
勉強不足ですみません。
２バイト文字のファイル名を文字化けさせず表示する方法教えてください。お願いします。

えーと、UbuntuでFTPサーバを立ち上げていて、WindowsからFTPクライアントで転送するとファイル名が化ける、ということでいいですか？
使用しているサーバやクライアントが解らないのでなんともですが、Ubuntuのファイル名のエンコーディングがUTF-8であるところへ、UTF-8未対応のクライアント(古いFFFTPとか)で送信しているのではないかと勝手に予想してみます。

proftpdとFileZillaでしょうか？ 名前は正確に、できればバージョンも記述しましょう。オフィシャルサイトのURLなんかを貼り付けると親切かもしれません。
でFileZillaは使ったことがないのですが、サイトマネージャの文字セットタブにある「UTF-8を強制する」にチェックを入れてみたりするとどうなりますか？