APTonCDを使ったことはないのですが、
http://sourceforge.jp/magazine/07/07/10/0127249
によれば

デフォルト設定下のAPTonCDは、実行時点でAPTキャッシュにある任意のパッケージを～

とあるので、

kaznon による投稿:

これは、UBUNTU同じバージョンに限るものですか？ ８.１０で作って　８.０４１リストアでは、無理でしょうか？？
又、/var/cache/apt/archives/にキャッシュされたdebパッケージを フラッシュメモリ等にコピーして インストールは可能でしょうか？
又、OSのバージョンが違えば無理でしょうか？

8.10で /var/cache/apt/archives/ に貯まる*.debファイルは当然8.10用のものになるので、8.041にインストールするのは問題があると思います。

同一バージョンのパッケージを何度もダウンロードしてしまうのを防止する、という事でしたら、こんな方法でも大丈夫です。

1. /var/cache/apt/archives/ の中の*.debファイルのコピーを取っておく。GUIを使ってもコマンドでも良いし、取っておく場所はNTFSやFAT32のフラッシュメモリであろうと構わずどこでもOK。
2. 新しいマシンの /var/cache/apt/archives/ に取っておいた*.debファイルをコピー。/var/cache/apt/archives/ ディレクトリは所有者がrootなので、sudoのコマンドラインや管理者権限のnautilus等が必要です。
3. アップデートやソフトのインストールを普通に実行

APT環境が自力でインストールしたいパッケージの「自分のOS用の現在のバージョン」を探すので、ぴったり合致した*.debが /var/cache/apt/archives/ に置いてあればダウンロードせずにそれを使いますし、
古かったり新しすぎたりなかったりと、合致した*.debが見つからなければ自動的にダウンロードします。

例えば「8.10で8.041用のfirefoxに必要なパッケージ一式を事前にダウンロードしておきたい」という場合を想定すると、これは工夫が必要になります。
なにせ

8.10は8.041でのfirefoxにどんな名前やバージョンの*.debが必要なのか知らない

ので、8.10でありながら8.041の特定のソフトが必要とするパッケージを検索させる方法を考えるか、
※どうやるかは私もわかりません・・・
いっそこの際8.041のパッケージを全部ダウンロードしておくか、となり、そのツールが apt-mirror となります。
http://sourceforge.jp/magazine/07/07/10/0127249
の2ページ目にもありますし、
http://gihyo.jp/admin/serial/01/ubuntu-recipe/0047?page=2
でも紹介されています。

こうしてネットワークの設定をしてLAN内リポジトリを立てるのが王道なのでしょうが、apt-mirror がどこかのディレクトリに貯めこんだ*.debをフラッシュメモリにコピーして8.041の/var/cache/apt/archives/へぶちまける、でも一応は大丈夫です。
※当然ぶちまけた*.debが最新より古ければ、8.041が自身のネットワークでリポジトリに新しいものを取りに行ってしまいます。