最後に投稿してから随分と日にちが経ってしまい、その後の報告が遅れてしまい、アドバイスをくださった皆さんには申し訳ありませんでした。

結局K3bは復旧せず、そして又、scdとsrファイルが16個ずつできてしまいました。8.04からのアップデートで不具合が出たのかと思い、ファイル等がゴチャゴチャしてきたのもあり、Xubuntuを再インストールしました。その後、K3bはまだ使用していないので、ちゃんと使えるかどうかはわかりませんが、又何かありましたらよろしくお願いいたします。