oosamuuy による投稿:

1.
　apache2.confにインクルードさせている各ファイルはたくさんありますが、conf.dというディレクトリ以下とsite-availableディレクトリ以下の設定ファイルの置き方(分類の仕方)がいまいちわかりません。

以前に別の方への回答で書いたものですが、参考までにどうぞ
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=23187#p23187

あ、すみません。一つ質問を忘れていました。
調べてみてもわからなかったのが、conf.dの振る舞いというか動き方なのですが、例えばsites-enabledとsites-availableはどうやらモジュールによって管理されているみたいで、sites-availableに新規でファイルを作成した場合など自動的にsites-enabledにリンクが貼られています。ここのディレクトリやユーザーの設定をするにはa2ensiteみたいなコマンドがあったりしてON/OFFも比較的楽に処理できてうれしいのですが、conf.dは、これは伝統的なconf.dと同様の動きをしている…つまり、同じディレクティブをただ読み込んでいるだけで、apache2.confの中に書いてしまっても同様ということなんですよね？
Includeしているだけなのでたぶんそういうことなのかと予想していますが、僕の設定では（今度は）conf.d以下の設定が読み込まれていたり読み込まれていなかったりとまちまちなのですが、何か特別な施しっていうのが必要なのでしょうか？
（具体的には、CGIの設定のAddHandlerをconf.d以下に設定したのですが、これはちゃんということ聞いてくれているようなのですが、セキュリティー関係でバージョン名などを表示しないようにする設定（ServerTokens ProductOnly）という設定ファイルが読み込まれていないみたいのです。どちらもただファイルに書いてapache2.confに読み込ませているだけです。）
apache2にrestartをかけるだけではconf.d以下の設定は反映されないのでしょうか？
（気になるのが、Include /etc/apache2/conf.d/ という風になっていて、Include /etc/apache2/conf.d/*とファイル名を示すワイルドカードがないところ…です。つけてもとっても同様の結果ではありましたが…（泣）

ryさんありがとうございます。
なんだか長い間Apacheを使っていますが…、そこらの読み込みの順番にまったく気がつきませんでした！！
/ect/apache2/conf.d/securityというファイルをそのままバックアップをとって、/ect/apache2/conf.d/security.backupとして、
/ect/apache2/conf.d/securityにServerTokens ProductOnlyを書いて保存しました。
これ、ご指摘のとおり、バックアップしたファイルも読み込まれていて、securityとsecurity.backupの両方が読み込まれている…ということらしいです。いろいろやった結果…

security
↓
security.backup

という順番みたいです。security.backupを削除したら設定が反映されました！！
　今まであんまり気にしたことはなかったけど、Linux全体としてファイルの読み込みはアルファベット順で、最後に読んだものが設定になる…ということなんでしょうか？（もちろん、そういう二重の設定にエラーを出すということもあると思いますが…。）
　いやはや、わかっているつもりのconf.d以下の設定に数日間も費やしてしまいました。

ryさん貴重なヒントありがとうございます！！

ryさんありがとうございます。
conf.dに限ってはテストの結果後読みでした。最後に読んだ設定が上書きされるようです。前バージョンのapacheもhttpd.confを最初から最後まで順番に読み込んでいく感じだったと記憶してます。apache2ではapache2.confのどこでconf.dを読み込んでいるのかも影響してしました。apache2.confの冒頭で書いたディレクティブはその後読み込まれたconf.d以下のファイルに上書きされました！
たぶんですが、ファイルの行順、アルファベット順…という優先順位で読んでいるみたいですね。。。

（もし違っていたら識者の方、ご指摘ください！）