http://wiki.livedoor.jp/sim_99/
http://mysticplrs.s59.xrea.com/mt/2006/02/lets_note_r1.html
こんなページも見つけました。

でも、これはかなり難しそうですね。

返答ありがとうございます。

いくつか試してみました。
・xorg.confに設定を追加する(1)
---
Section "Device"
Identifier "Silicon Motion, Inc. SM720 Lynx3DM"
Driver "siliconmotion"
Vendorname "Silicon Motion, Inc."
BusID "PCI:0:9:0"
Option "HWCursor" "off"
Option "SWCursor" "on"
Option "UseBIOS" "off"
EndSection
---
残念ながら状況は改善しませんでした。Xのログイン画面に入ると画面が点滅し、ログイン自体ができませんでした。

・xorg.confに設定を追加する(2)
---
Section "Screen"
Identifier "Default Screen"
Device "Silicon Motion, Inc. SM720 Lynx3DM"
Monitor "Generic Monitor"
SubSection "Display"
Depth 24
Modes "1024x768"
EndSubSection
EndSection
---
実際には1024x768の解像度にはなりませんでした。

(1)のみ、(2)のみ、(1)(2)ともにと試してみましたが状況は改善しませんでした。
Lynx3DMはかなりの難物のようです。

試すのが遅くなってしまいました。

(1)からDriver "siliconmotion"を削り、(2)は指定
画面が乱れ(垂直同期、水平同期ともにおかしい状態)でした。全く見られません。

(1)からDriver "siliconmotion"とOptiion "UseBIOS" "off"を削り、(2)は指定
色が化けた状態。水平同期と垂直同期は正常です。
一度「フェイルセーフの端末」でログインすると色は正常に戻ります。
解像度は800x600です。
つまり、何も指定指定していないときと同様でした。

(1)はそのまま、(2)のsubsection-endsubsectionを削除
色、水平同期、垂直同期ともに正常です。
解像度は800x600です。ログイン後にさらに高い解像度に変更することはできませんでした。

(1)(2)ともにやったとき
画面が乱れ(垂直同期、水平同期ともにおかしい状態)でした。全く見られません。

とりあえず、siliconmotionのドライバがきちんと動いていることは判りましたが、FPDが解像度を正しく認識(もしくは実現)できていないようです。
ログに関しては別途書き込みます。

ありがとうございました。