どうも回答ありがとうございます。返事が遅れてすみません。

早速試したのですが駄目なようです。あいかわらずRGB側がプライマリになります。
念のためxorg.confの関係しそうな箇所を引用しておきます。Xineramaが0のなのがいけないんでしょうか？

Section "Module"
    Load           "glx"
EndSection

Section "ServerFlags"
    Option         "Xinerama" "0"
EndSection

Section "InputDevice"

    # generated from default
    Identifier     "Keyboard0"
    Driver         "keyboard"
EndSection

Section "InputDevice"

    # generated from default
    Identifier     "Mouse0"
    Driver         "mouse"
    Option         "Protocol" "auto"
    Option         "Device" "/dev/psaux"
    Option         "Emulate3Buttons" "no"
    Option         "ZAxisMapping" "4 5"
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier     "Configured Monitor"
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier     "Monitor1"
    VendorName     "Unknown"
    ModelName      "DELL 2007FP"
    HorizSync       30.0 - 83.0
    VertRefresh     56.0 - 76.0
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier     "Monitor0"
    VendorName     "Unknown"
    ModelName      "EIZO L557"
    HorizSync       24.0 - 80.0
    VertRefresh     50.0 - 75.0
EndSection

Section "Device"
    Identifier     "Configured Video Device"
    Driver         "nvidia"
    Option       "TwinViewXineramaInfoOrder" "DFP,CRT"   
EndSection

Section "Device"
    Identifier     "Device0"
    Driver         "nvidia"
    VendorName     "NVIDIA Corporation"
    BoardName      "GeForce 7300 LE"
EndSection

Section "Device"
    Identifier     "Device1"
    Driver         "nvidia"
    VendorName     "NVIDIA Corporation"
    BoardName      "GeForce 7300 LE"
    BusID          "PCI:1:0:0"
    Screen          1
EndSection

Section "Screen"
    Identifier     "Default Screen"
    Device         "Configured Video Device"
    Monitor        "Configured Monitor"
    DefaultDepth    24
    Option         "NoLogo" "True"
    SubSection     "Display"
        Depth       24
        Modes      "1600x1200"
    EndSubSection
EndSection

Section "Screen"
    Identifier     "Screen0"
    Device         "Device0"
    Monitor        "Monitor0"
    DefaultDepth    24
    Option         "TwinView" "1"
    Option         "TwinViewXineramaInfoOrder" "CRT-0"
    Option         "metamodes" "CRT: 1280x1024 +0+0, DFP: 1600x1200 +1280+0"
    SubSection     "Display"
        Depth       24
    EndSubSection
EndSection

Section "Screen"
    Identifier     "Screen1"
    Device         "Device1"
    Monitor        "Monitor1"
    DefaultDepth    24
    Option         "TwinView" "0"
    Option         "metamodes" "DFP: 1600x1200 +0+0"
    SubSection     "Display"
        Depth       24
    EndSubSection
EndSection

どうもです。結局nvidia-settingでよく見たら、プライマリーディスプレイにするというチェックボックスがあって、これであっさり設定できました。
ありがとうございました。

全然違う話なんですが、メニューからnvidia Xserver Settingを起動すると管理者権限で起動してくれないので、コマンドでsudoをつけて
起動する必要があるんですね。