ジャストシステムのページにインストール方法が載っています。

http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=043660

↑のページにはCtrl + Alt + F2キーを押して仮想端末に切り替えろと書いてありますが、
GNOMEターミナル（端末）やkonsoleなどでもインストール可能です。多分。
その場合、上記のページの3、6、11、12、13の項目は実行する必要がありません。

最後の編集者: aaabbbcccdddeeefffggghhh (2009-04-22 22:55:57)

すみません。問題なくインストールできました。
JustSystemのUbuntu 8.04 LTSでのインストール方法
http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=043660
の通りにインストールすればできました。快適です。
失敗したときは，アップデートモジュールをインストールした後，
ダウンロード版インストール手順の最後の９番

ATOK X3 for Linuxの起動設定を行うため、次のスクリプトを実行します。
$ sudo bash /opt/atokx3/sample/setting_debian4.sh

を忘れていたのが原因でした。
FirefoxでもOpenOffice3.0でもAtokは順調に動いています。