自己レスです．解決というか原因がわかりました．
https://bugs.launchpad.net/gnome-panel/+bug/187540
のスレッドに書かれているgnome-panelのbugのようです．垂直にgnome-panelを配置し，windowの数が８個に達すると，panelがフリーズします．一旦windowを７個以内に閉じて，terminalから
killall gnome-panel
でpanelが戻ります．
ATIのグラボとの相性かと何度も悩み，一旦8.10まで戻したりしましたが，グラボを変更し，9.04に戻しても同じ症状が出るので調べてみてわかりました．同じ症状に悩む方があればご参考に．なお，上記スレッドはpatchなどに関する議論が延々と続いていますので，英語を読みながら解決策を検討しますがまだ根本的な解決策はないようで
The God cried, "I will not see this bug fixed before I die!"
などと書かれています．
wombat