いろいろと語足らずですいません。

ubuntu9.04のwubiがXPでもVistaでも起動できなく、USBから起動するしかできないという状態になっているのですが、

についてなのですが、これはwindowsでwubiのインストーラーが立ち上がらず先に進めなくインストールができないということです。

USBだとHDDより遅いので何とかしたいと思っています

はインストーラーが立ち上がらなかったので、せめてどんなものかをたしかめるためにLiveCDで起動してUSBスタートアップディスクでUSB　Ubuntuを作ったということです。

システム-> システム設定-> ソフトウェア・ソース　、「アップデート」タブ　で下段のアップグレードリリースに
「通常リリース版でも通知」を選択。は試されましたか？wubiでも大丈夫と思うのですが、、、

通常リリース版でも通知を選択すると無事にアップデートすることができました。現在快適に使えております。起動速度が相当早くなったのには驚いています。どうもありがとうございました。