xserver-xorg-video-intel
をSynapticパッケージマネージャにて再インストールしましたが同じでした。
以前Ubuntu9.04をクリーンインストールした際も同じようにコマ落ちしました。
（今回改めてクリーンインストールし直しました）

クリーンインストールしたあと
日本語環境セットアップヘルパよりｆｌａｓｈｐｌａｙｅｒをインストールし
アプリケーションの追加と削除より
GStreamer ffmpeg video plugin
GStreamer extra plugins
GStreamer plugins for mms, wavpack, quicktime, musepack
をインストールしたのちアップデートマネージャにてシステムを更新した環境で使っています。

試してみました。
私の環境ではあまり効果はありませんでした。

自分の環境は自作のAthlon64x2-4200、メモリ2G、ビデオカードはgeforce6600GT-SLIです。ほとんどの動画プレイヤーはこの環境で大体は問題は
無いのですが、Flashの全画面だけは引っかかる時が有ります。Flashは全般的に重いです。

効果無いかも知れませんが私の環境で多少はましになる結果を招いた方法を書いておきます。

1.GNOMEのCPU周波数計測モニターでパフォーマンスに設定する。
2.you tubeを見ている時に(全画面じゃない)画面上で右クリックして出てきた設定画面で「ハードウエアアクセレーションの有効化」のチェックを外す。

1.は最近のUbuntuでは電源管理が進化していて、使用しているCPUの周波数がデフォルトでondemand(負荷により上下する)になってます。これが動画などの
処理のリアルタイム性が必要なアプリの処理に影響が出てる時が有ります。GNOMEの上のパネルで右クリックしてパネルへ追加を選択するとCPU周波数計測モニター
というのが有りますから、これを選んでパネルに追加された周波数モニターをクリックするとPerformanceを選びます。例えアプリがCPU100%近く使用していても
コマ落ちなどの動きが変わります。

2.はFlashのデフォルト設定ではチェックが入ってます。このアクセレーションは全画面の時に使用されるのでやはり動きが変わる時が有ります。

全部私の環境下で行ったことですのでどっちも効果無いかもしれませんが一応参考までに書いてみました。