おもしろそうなので入れてみたところ、私の環境でも文字化けしてしまいました。
どうも Apache ではなくて MySQL のエンコーディングの設定がおかしい気がしたので、
EUC に設定し直して NetCommons を再インストールしたところ、正常に表示されました。

phpMyAdmin からやったのでアレですが、
ALTER DATABASE データベース名 DEFAULT CHARACTER SET eucjpms COLLATE eucjpms_japanese_ci
でどうでしょう？

akiraccho による投稿:

>ALTER DATABASE データベース名 DEFAULT CHARACTER SET eucjpms COLLATE eucjpms_japanese_ci

これを、/etc/apache2の中にあるhttpd.confに書き込むことでよろしいのでしょうか？それとも他に書き込むファイルが存在するのでしょうか？

えーと、説明が足りなかったようですね。これは MySQL 文なので、 MySQL に対して実行します。
MySQL が分かっているか心配なので、一応詳しく説明しておきます。

…というか phpMyAdmin からやれば簡単ですし一瞬で終わるのですが、まぁ練習だと思ってやってみてください。

① MySQL サーバへ接続
$ mysql -u root -p
Enter password: ← root のパスワードを入力して Enter (root でなくても権限のあるユーザなら誰でもいいけど)
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 171
Server version: 5.0.75-0ubuntu10 (Ubuntu)

Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
mysql>
↑という感じになったら接続完了です。

② NetCommons のアンインストール
前の設定では MySQL が日本語を扱えなかったため、 NetCommons のインストール時に MySQL に挿入されたデータ (TEXT) のうち日本語部分は「?」に置き換えられてしまっているようです(こちらの環境の場合)。
なので一度アンインストールする必要があります。
テーブルがいっぱいあって、いちいち削除するのが面倒なので、データベースごと削除しちゃいましょう。
> DROP DATABASE <<データベース名>>;
<<データベース名>>の部分は NetCommons をインストールしたデータベース名に置き換えてください(以下同様)。
また、文区切りである「;」は文末に必ず記述してください。
Query OK, 1 row affected (0.02 sec)
などと表示されたら、正常にクエリが受け付られたので成功です(これも以下同様)。

③ データベース作り直し
> CREATE DATABASE <<データベース名>>;
次に NetCommons が書き込みや読み込みができるように、権限を与えます。
> GRANT ALL PRIVILAGES ON <<データベース名>>.* TO <<NetCommons 用のユーザの名前>>;

④ 文字エンコーディングの変更
> ALTER DATABASE <<データベース名>> DEFAULT CHARACTER SET eucjpms COLLATE eucjpms_japanese_ci;
ちなみに EUC にしたのは、
http://www.netcommons.org/index.php?action=pages_view_main&page_id=61
の下から二番目が根拠です。
PHP が勝手に変換してくれるような気がするので、UTF-8 とか日本語が扱えそうなエンコーディングなら何でも OK かもしれません。

ここまでできたら、NetCommons へアクセスし、再インストールしてください。
これでキチンと表示されると思います。

いろいろありがとうございました。

ところで、NetCommonsの公式サイトにこんな情報（↓）がありました。
http://www.netcommons.org/index.php?action=pages_view_main&page_id=60
こちらの下から２番目を見ましたら・・・どうやら漢字コードとしてはUTF8を使用するのが正解というか推奨しているようですね。