質問を変えます。Caps LockキーをShiftキーを押した
時だけ効かせるにはどうすればよいでしょうか。

Ctrl キーに変更なら、
メニュー→システム→設定→キーボード
レイアウトタブ→レイアウトのオプション→Ctrl キーの位置
Make CapsLock an additional Ctrl にチェック
閉じる、閉じる

私の場合は8.04->8.10->9.04とアップグレードしたのですが、
標準で8.10->9.04の場合はこの不具合が改善されている
との情報がありました。

http://ameblo.jp/a-fool-studies-english/entry-10251859606.html

もしかすると8.04からのアップグレードがよろしくないのかな?

マニュアルで設定して改善された状態にはなりませんかねぇ。。

SCIM platform 1.4.6
SCIM Anthy 1.2.7
とありますね。古いかな?
9.04にしてからアップデートマネージャを
手動で起動しないといけません。
赤い下向きの矢印が出てこなくなりました。

あーすみません、SCIMのバグかもしれません。しばしお待ちください。

「かな入力」ユーザーです。
かな入力に関する情報が少ない現状を、経験しております。
FreeWnnのときは参ったorz
anthy を見つけてからものすごく助かっています。

私の環境では、特に設定なく、"shift & caps lock" で caps lock "ON"となります。
SCIMキーバインドの設定は、デフォルト状態です。
SCIMキーバインドテーマは「標準設定」
SCIMの入力方式を「かな入力方式」にしただけの状態です。
下記に、私の環境を列記しておきます。参考になりましたら、幸いです。

ubuntu 8.04
windowmaiker 0.92
anthy 9100d-1
scim 1.4.7
scim-anthy 1.2.4

FEP(古い言い方??日本語入力)が OFF状態で、"shift & caps lock"が動作しますので、SCIM & anthy とは無関係な気がします。

システム->設定->キーボード->レイアウト->capslockキーの挙動
デフォルト設定になっていました。

確認のために、capslock acts as shift with locking. shift "pauses" caps lock　を選択してみましたが、、、、
エラーが出ました(笑)
XKBのバグとかかんとかと
スクリーンショットを貼ろうと思いましたが、、、、
スクリーンショットは撮ったものの、アップロードがわかんなかったorz

そういえば、ubuntu導入後に xorg.conf を書き直した記憶が、、、、、
"半角/全角"、アンダーバー、バックスラッシュあたりのキー入力ができずに、
メニューで切り替え項目はあるものの受け付けず、手っ取り早く　xorg.conf のXKBの項目を書き換えた記憶があります。

わたしのばあい、運良く使いやすい設定の状態で、設定の変更ができない状況のようですね(^^;