その後いくつか気がつきました。

　ログイン時にフェールセーフのGNOMEを選択すると、ログイン後端末などは開けるようになりました（firefox等はだめ）。

まずgrubのmenu.lstはなぜか8.10の古い記述のままで、強制的にカーネルバージョンを示すところを
2.6.27-11→2.6.28-11
のように書き換えました。そしてapt-get upgradeで更新を行いました。

まだ普通にログインすると駄目なのようですが後はどんな修正が考えられますか？

すいません。間違えました，
誤　8.10から9.10への移行作業
正　8.10から9.04への移行作業
です。失礼しました。

funatogawaさんありがとうございます。

　まずvmwareについて書きましたが、ホストOSが問題を起こしているUbuntuで、ゲストOSがXPです。ですのでapt-get dist-upgradeでいいんだとおもいます。単なるapt-get upgradeとどう違うのかよろしかったら教えてください。
　じつは新たなカーネルがインストールされるときにいくつかオプションがあったと思うのですが、何も考えずに現在のバージョンを保持という選択をしたのがまずかったんだと今わかりました。カーネルも最新にしたかったんです。

　ダメ元でカーネルを最新のものに今からするって言うのは何とか出来ないものでしょうか？荒療治過ぎますか…。

kenken92 さん による投稿:

　ダメ元でカーネルを最新のものに今からするって言うのは何とか出来ないものでしょうか？荒療治過ぎますか…。

恐らく、システムのアップグレード自体に失敗していると思われるので、カーネルだけ変えてもダメじゃないかと思うのですが・・・。
もう一度ネットワークからアップグレードをしてみるというのは多分無理なので、CD-ROM からのアップグレードを試してみてはどうでしょうか？

これは通常の日本語 RemixCD からは出来ないので、AlternateCD というものを使います。
http://releases.ubuntu.com/jaunty/
↑の Alternate install CD のところから、ubuntu-9.04-alternate-i386.iso をダウンロードして CD に焼いてください。

現在のシステムを起動して CD をドライブに挿入すると、CD を使ってアップグレードすると言われるので、インストーラの指示に従ってください。
もし、自動でダイアログが出なければ、Alt+F2 で gksu "sh /cdrom/cdromupgrade"
として実行してください。

念のため、無くなっては困るファイル等はバックアップを取っておいてください。
/home 配下は問題ないでしょうが、vmware はデフォルトのままであれば、/var/lib/vmware/Virtual Machines 配下に仮想マシンを保存しているので、これもバックアップしておいた方がいいでしょう。

もし、AlternateCD から自動で起動せず、Alt+F2 も使えない状態だと上書きインストールが手っ取り早いでしょうかねぇ・・・。
その場合は、/home 配下にあるファイル等は基本的に温存されますが、アプリケーションやその他のパッケージ等はシステムデフォルトになるので、自分で入れていたものはすべて削除されます。
ただ、〜rcとか~conf などの設定ファイルを /home/hoge にドットファイルとして置くタイプのアプリなら、再インストールしたときに設定ファイルを読み込みますので、基本的には前と同じように使えるはずです。