SCIMとATOKの切り替えは、
$ im-switch -c
で行うほうが良いのではないでしょうか。

現状への対処法は存じませんが、
私なら、他のユーザーでちゃんとATOKが動くなら、
当該ユーザーの設定書類を捨ててみます。
他のユーザーでも動かなければ、上書きインストール、
それで駄目ならアンインストールの上再インストールします。

ジャストシステムはコンソールでの操作を指示してますが、
Terminalからやっても大丈夫かもしれません。
（あくまで、自分の経験論で、根拠はありません。）

baraphaさん による投稿:

具体的な処理をご教示願えますでしょうか ？

以上がでいているユーザーの
~/.iiim/le/atokx3/users/
以下のフォルダを捨てて（あるいは他のディレクトリに移動して）再ログインしてみてください。
Atokの設定がデフォルトになってると思います。
なお、今までに登録した単語などは失われます。

お蔭様で復旧できました。
「今までに登録した単語など」も無い状態だったので問題ありません。
有難うございました。

＞訂正ができないのは不便ですね。
私も冒頭で Ubuyntu とやってました。
この程度なら脳内変換で ……。