ちょっと状況がよくわかりませんが、
・ウイルスに感染するような心当たりはない。
　（出所不明なexeファイルを実行した覚えはない）
・しかし、aegis-virus-scannerでチェックすると、W32/Magistr.a@MMに
　感染していると表示される。
・今回チェックしたのが初めて。

ということでしたら、↓です。
http://rt.cpan.org/Public/Bug/Display.html?id=12970

aegis-virus-scannerの問題で、誤ってW32/Magistr.a@MMに感染している、
と出力することがあるようです。

ウイルスの挙動として、無差別にexeファイルに感染するようですから、亜種で
なければWindowsフォルダに限定して感染している、ということも考えにくそうです。
http://www.symantec.com/region/jp/sarcj/data/w/[email protected]

ただ、もしも以前に検索して問題がなかったにも関わらず、最近感染が報告される
ようになったのであれば（あるいは思い当たるフシがあるのなら）、感染していると
思って行動した方が良いでしょう。