自己解決しましたので，報告させていただきます．

そもそも，自分の環境の情報が少なかったので，追記します．
---------------< 追記 >---------------
pidgin は [システム] | [設定] | [自動起動するアプリ] で起動させておりました．
しかし，この場合において，pidgin を再起動しても，日本語は入力できませんでした．
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類似する症状を調べた所，launchpad に似た報告がありました．
https://bugs.launchpad.net/ubuntu-jp-improvement/+bug/245388
ここの

ログイン直後にmousepadやxfce4-terminalなどを立ち上げ、その後にpidginを起動すれば正常に日本語入力ができます。
一度日本語入力ができるようになると、それ以降は再起動しても日本語入力ができる状態になります。

を参考に，ログイン直後に pidgin を起動せず，ログインして少ししてから pidgin を起動するように，自動起動のアプリには以下のスクリプトを登録しました．

#! /bin/bash
sleep 30
pidgin

このスクリプトは，ログインしてから 30秒後に pidgin を起動するものです．
もちろん，スクリプトには実行権限を与えておきます．

この方法で日本語が入力できるようになりました．
このトピックを閲覧，解決方法を考えてくださった方に感謝します．
(このくだらない質問に対し，時間を割いてくれたことに…)

最後の編集者: hellfire (2009-05-18 11:49:08)

Pidginで日本語入力ができる状態になったことを確認した上で、

1) ターミナルを開く
2) $ export > ~/.environment.sh
3) pidginの起動スクリプトのsleep 30の直後(pidgin起動前)に
source ~/.environment.sh


とかするとどうなりますか？
また、もしこれで上手くいく場合、sleep 30を消しても動作しますか？

hito さん
何から何までありがとうございます．

ご指摘の通りやってみました所，まだ不安定でできる時とできない時がありました．
やったことは，
1. 読み込むための環境変数スクリプトの作成．
　$ cd ~
　$ export > ~/.environment.sh
2. Pidgin スクリプト(pidgin-src)の作成

#! /bin/bash
source ~/.environment.sh
pidgin

3. 実行権限の付加
　$ chmod +x ~/.environment.sh ~/pidgin-src
4. スクリプトからの Pidgin 起動
　$ ./pidgin-src
sleep に関しても何度かテストしてみました所，sleep の有無は関係ないようでした．

上記手法ではうまくいきませんでした．
そこで，.environment.sh の内容を見て，SCIM に関する所を修正してみた所，うまくいきました．

declare -x GTK_IM_MODULE="scim-bridge"

を

declare -x GTK_IM_MODULE="scim-bridge-client-gtk"

にする．

なぜ，これでうまくいったのかはわかりません．
そもそも，scim-bridge-client-gtk はインストールするパッケージであり，プログラム名ではないはずですよね？
ちなみに，テストした時に scim-bridge は ps で確認できましたが，scim-bridge-client-gtk はありませんでした．
まだ，テスト段階なので，今後再び日本語入力ができなくなるかもしれませんが，とりあえずは簡単な報告まで．

kakutan　さん
ありがとうございます．
確かに，その方法は方法は確実ですね．

以下の手法が有効なものかどうかわかりませんが，9.04 の環境において，以下の手順で安定して使えていましたので，報告させていただきます．
1. /etc/environment に以下を追記する．

export GTK_IM_MODULE=scim-anthy

2. 再起動する．

今は 9.10 にアップグレードしたので，検証できませんが，今思えば，scim-bridge に問題があったような気がします．
なお，当然の話ですが，9.10 の ibus 環境では，この問題は出ておりません．