grandr を使えば出来るんじゃないかと思いますが・・・。
sudo aptitude install grandr デス。
まぁ、何のことはない、xrandr の GUI フロントエンドなんですが。

grandr をインストールしたら、端末から grandr と実行するか、メニュー -> システム -> システム管理 ｰ> Multiple Screens から起動します。
起動したら回転したい方のディスプレイをクリックして選択し、Rotation タブで left,inverted,right のいずれかから、回転したい方向を選べば可能だと思います。

petitbootangさん，CMasamiさん
丁寧なお返事ありがとうございます．

grandrでは，
1つの大きなディスプレイとして認識されたままで，
うまくいきませんでした．

Separate X Screenにすることで，
2つのディスプレイとして認識されました．
ただ，NVIDIA X Server Settingでは別々に回転できませんでした．

結果的には，xorg.confをビクビクしながら，
いじることで別々に回転することができました．
具体的には，Option "Rotate" "CCW"を追記することで実現しました．

ただ問題が2点あります．
１つめはxrandrが効かなくなっている？ことです．

$ xrandr
Xlib:  extension "RANDR" missing on display ":0.0".
RandR extension missing
と表示されています．
何がおかしいのか見当もつかないので，分かる方がいらっしゃれば教えていただきたいです．

もう１つは，視覚効果か無効になってしまうことです．
Separate X screenにしてしまうと無効になってしまうのでしょうか．
個人的には，揺れるウィンドウやデスクトップキューブが気に入っているので，
これらが使えないなら，別々に回転させることを諦めようと思っています．

どなたか視覚効果を有効にしつつ，別々に回転させる方法を
知っている方がいれば教えていただきたいです．

念のため，私のxorg.confを晒しておきます．

# nvidia-settings: X configuration file generated by nvidia-settings
# nvidia-settings:  version 1.0  (buildd@palmer)  Sun Feb  1 20:21:04 UTC 2009


Section "ServerLayout"
    Identifier     "Layout0"
    Screen      0  "Screen0" 0 0
    Screen      1  "Screen1" 1920 0
    InputDevice    "Keyboard0" "CoreKeyboard"
    InputDevice    "Mouse0" "CorePointer"
EndSection

Section "Files"
EndSection

Section "Module"
    Load           "dbe"
    Load           "extmod"
    Load           "type1"
    Load           "freetype"
    Load           "glx"
EndSection

Section "ServerFlags"

# Removed Option "Xinerama" "0"
# Removed Option "Xinerama" "1"
# Removed Option "Xinerama" "0"
    Option         "Xinerama" "1"
EndSection

Section "InputDevice"

    # generated from default
    Identifier     "Mouse0"
    Driver         "mouse"
    Option         "Protocol" "auto"
    Option         "Device" "/dev/psaux"
    Option         "Emulate3Buttons" "no"
    Option         "ZAxisMapping" "4 5"
EndSection

Section "InputDevice"

    # generated from default
    Identifier     "Keyboard0"
    Driver         "kbd"
EndSection

Section "Monitor"

    # HorizSync source: edid, VertRefresh source: edid
    Identifier     "Monitor0"
    VendorName     "Unknown"
    ModelName      "Sharp"
    HorizSync       30.0 - 75.0
    VertRefresh     60.0
    Option         "DPMS"
EndSection

Section "Monitor"
    Identifier     "Monitor1"
    VendorName     "Unknown"
    ModelName      "DELL 2007FP"
    HorizSync       30.0 - 83.0
    VertRefresh     56.0 - 76.0
EndSection

Section "Device"
    Identifier     "Device0"
    Driver         "nvidia"
    VendorName     "NVIDIA Corporation"
    BoardName      "Quadro FX 1500M"
    Option         "RandRRotation" "True"
    BusID          "PCI:1:0:0"
    Screen          0
EndSection

Section "Device"
    Identifier     "Device1"
    Driver         "nvidia"
    VendorName     "NVIDIA Corporation"
    BoardName      "Quadro FX 1500M"
    Option         "RandRRotation" "True"
    Option         "Rotate" "CCW"
    BusID          "PCI:1:0:0"
    Screen          1
EndSection

Section "Screen"

# Removed Option "TwinView" "1"
# Removed Option "metamodes" "DFP-0: nvidia-auto-select +0+0, DFP-1: nvidia-auto-select +1920+0"
    Identifier     "Screen0"
    Device         "Device0"
    Monitor        "Monitor0"
    DefaultDepth    24
    Option         "TwinView" "0"
    Option         "TwinViewXineramaInfoOrder" "DFP-0"
    Option         "metamodes" "DFP-0: nvidia-auto-select +0+0"
    SubSection     "Display"
        Depth       24
    EndSubSection
EndSection

Section "Screen"
    Identifier     "Screen1"
    Device         "Device1"
    Monitor        "Monitor1"
    DefaultDepth    24
    Option         "TwinView" "0"
    Option         "metamodes" "DFP-1: nvidia-auto-select +0+0"
    SubSection     "Display"
        Depth       24
    EndSubSection
EndSection