気がついたらsynaptics、アップデートマネージャー、アプリケーションの追加と削除も同様のエラーを出すようになりました。
先ほどまで少なくともアップデートはしたんですが。その後にしたことといえばネットワークのプロキシーでシステム全体に適用
ボタンを押したことくらいしか思い浮かびません。

以上よろしくお願いいたします。

どうもありがとうございます。
ソフトウェア・ソースのサードパーティのソフトウェアタブは
http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja jaunty/
http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja jaunty-ja/

をなかったので追加して書きました。状況は変わらないようです。

/etc/apt/sources.listですが、有効な行（＃なし）を列記すると、以下のとおりです。

deb-src http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty main restricted #Added by software-properties
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty main restricted universe multiverse
deb-src http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty multiverse universe #Added by software-properties
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-updates restricted main multiverse universe #Added by software-properties
deb http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-security main restricted universe multiverse
deb-src http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/ jaunty-security restricted main multiverse universe #Added by software-properties
deb http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja jaunty-ja/
deb http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja jaunty/

なお、apt.confは以下のように書いています。
Acquire::http::Proxy "http://ユーザ名:パスワード@プロキシのIP:8600/";

なお、8.10までは問題なく現環境（プロキシ経由）で接続できていました。但し、プロキシ設定に苦労した覚えはあるのですが、
最近はアップグレードばかりで設定しなかったので、どのように設定したかは覚えていません。