gerris というソフトが具体的にどういうもので、どういう動作をするのが正しいのか私は全く分からないので、以下やってみたことだけ・・・。

まず、1番の↓これは問題ないですよね？

% sudo -s
% echo "deb http://gts.sourceforge.net/debian/ ./" >> /etc/apt/sources.list
% echo "deb http://gfs.sourceforge.net/debian/ ./" >> /etc/apt/sources.list
% exit

次に2番の↓これですが、確かに上手くいかないようなので、

% wget -O popinet_key.asc.gz http://gfs.sf.net/debian/popinet_key.asc
% gunzip popinet_key.asc.gz
% sudo apt-key add popinet_key.asc

http://gfs.sf.net/debian/popinet_key.asc を右クリックして名前をつけてリンク先を保存を選択すると、popinet_key.asc と言う名前で保存しようとするので、拡張子 .asc を .pgp に変えて保存してください。
メニュー -> システム -> システム管理 -> ソフトウェア・ソースを開いて、認証タブ -> 鍵ファイルのインポートをクリック
先ほど保存した popinet_key.pgp を選択して OK をクリック。

3番目を実行

％ sudo apt-get update

続いて4番目も実行

sudo apt-get install gerris-snapshot gfsview-snapshot

以上で、私の環境では、メニュー -> 教育・教養に GfsView 2d、GfsView 3d という二つが登録されました。
これらのプログラムを起動してみても、私には使い方がさっぱりですので、gerris というソフトのインストレーションに成功しているのかどうか、？？という感じですが・・・。
他に何かご存じのことがあればご教授ください。可能な範囲で調べます。

nobynoby さんは、物理学か何かの学生さんでしょうか。
教えてくれた先生は何をお使いなのでしょうか？
例えば、OpenSolaris とか別の OS をお使いなら、それに環境を合わせた方が良いとは思いますが・・・。

面白そうなので試してみました。Ubuntu 9.04(Jaunty)です。

まず，次のようなサンプルコードをvorticity.gfsという名前で保存します。

1 2 GfsSimulation GfsBox GfsGEdge {} {
  GfsTime { end = 50 }
  GfsRefine 6
  GfsInit {} {
    U = (0.5 - rand()/(double)RAND_MAX)
    V = (0.5 - rand()/(double)RAND_MAX)
  }  
  GfsOutputTime            { istep = 10  } stdout
  GfsOutputProjectionStats { istep = 10  } stdout
  GfsOutputPPM             { step = 1 } vorticity-%4.1f.ppm { v = Vorticity }
}
GfsBox {}
1 1 right
1 1 top

GfsRefine 6の数値を増やせば解像度が上がりますが，7以上にすると処理に時間がかかってしまいます。

これを，例えば/home/ubuntu/testというディレクトリを作って，そこに保存したとします。すると，次のコマンドで，50枚の拡張子ppmの画像が生成されます。

$ cd /home/ubuntu/test
$ gerris2D vorticity.gfs

これらを画像ビューアで次々に表示させるだけでも，動きがわかります。さらに，次のようなコマンドでmpegに変換できます。

$ convert -delay 10 *.ppm test.mpg

※ convertは，ImageMagickのコマンドです。-delayは，1/100秒単位で各画像の表示間隔を指定するオプションで，この場合は，10にしているので，0.1秒ごとに表示します。


ちなみに，鍵ファイルのインポートですが，DL指定されているファイルは圧縮されていないようですので，

$ wget -O popinet_key.asc http://gfs.sf.net/debian/popinet_key.asc
$ sudo apt-key add popinet_key.asc

でよいようです。

まずは，チュートリアルをじっくり読んでみてはいかがでしょうか？

http://gfs.sourceforge.net/tutorial/tutorial/

英語で書かれたマニュアルを理解するのも１つのステップですよ。

なお，C言語でも，OpenGLを使えば，流体の可視化のプログラミングが可能だと思います。普通のPCではまともに動かないかも知れませんが…。

mpeg関連のコーデックが不足しているのかも知れません。totemをコマンドで実行すれば何かわかるかも…。

ちょっと質問の主旨からはずれる気もしますが，他のサンプルではmpegを直接生成するものが多いので，結構重要かも知れませんね。

とりあえず，nobynobyさんの進捗状況を確認してからということで…。

※ 流体力学は得意じゃないので，専門的なところは大学の先生に教えてもらって欲しいです。