ログイン時やシステムサウンドならその設定メニューの上のタブのサウンドをクリックして「警告音と効果音を鳴らす」にチェックは入っているでしょうか?
そこにチェックが入っていて鳴らないなら、もしかしたらPulseAudioが邪魔してるのかもしれません。

今のUbuntuのGNOMEではPulseAudioがメインになっているらしく、それを指定して全てがまともに動く時は大変都合良く便利なのですが、自分でALSA等
直接指定して動かす場合に共存しているとちょっと面倒になるような気がします。

自分はUSB-Audioを使用していて、やはり直接ALSAを叩いて音を鳴らすようにしているのでPuseAudio関連のパッケージは削除してしまいました。
一応試してみてはどうでしょう。
もしかしたら削除してその後に
$ asoundconf list　して出た結果を見て　$ asoundconf set-default-card *** 等でカードを指定(***はlistの結果の文字を指定)するなどした方が良い可能性も有ります。
asoudconfコマンドを実行すると自分のホームディレクトリに「.asoundrc」と「.asoundrc.asoundconf」が作成されますので、コマンド実行前の環境に戻したい時は
この2つのファイルを削除して下さい。

それからLinuxのサウンド系のアプリはUSB-Audioやデジタル出力等を使っている場合は各アプリ個々に自分でデバイスを設定(アプリのサウンドデバイスの設定メニューで)
しなければいけないケースが多いです。面倒ですがサウンドデバイス、アプリによってはミキサーデバイスを指定します。

GNOMEでしか音が出ないってのがなんでなんでしょうね・・　cat /prc/proc/asound/cardsでカードが載っていてsudo /etc/init.d/alsasound restart
をした後に/var/log/syslogを見て変なエラーが無ければ正常に動いているんでしょうけど。。

それと見落としてました。見るとHDA intel ALC883なんてのが載ってますね。そうなるとIEC1724 IEC958とHDA intel ALC883を同時使用してる
という事になるのでしょうか。ALSAでこういう使用が出来るのか詳しくは解りませんがあまり良くないような気がします。オンボードは切っておいた方が良いと思います。

おそらくインストール時にオンボードがオンになっていて認識してしまったのでしょう。ALSAの再設定がalsaconfというコマンドで質問回答式で
出来るのですが、何故かUbuntuのALSAのパッケージはそのコマンドが削除されてるようです。

そうなると自分で設定を書き換える事になるかもしれません。/etc/modprobe.d/alsa-base.confの内容を確認して
options snd-usb-audio index=0
のような記述を見つけindexの順序でIEC1724 IEC958関連の数値が0になっていますか?なってないなら0にして他の使用しないカードは「-2」にしておいたほうが
いいかもしれません。

またalias snd-card-0 ******* (*****はカードのデバイス名)なんて記述もあったらそれもIEC1724 IEC958関連を優先するように書いた方が良いかもしれません。