端末はgnome-terminalでよいでしょうか。

gnome-terminal --geometry=80x24+10+10 &

--geometryはサイズや初期位置の指定オプションです。
とかでどうでしょう。詳細はman gnome-terminal、man xinitなどを読んで下さい。

アプリケーションをログイン時に自動的に実行する方法はいくつかありますが、[システム]->[設定]->[自動起動するアプリ]から設定しているものと仮定します。
もし別の方法で設定されている場合は、どのように自動起動しているか投稿下さい。
[自動起動するアプリ]で、適当な名前の項目を追加したと思います。その項目を編集して、コマンド欄にgnome-terminal(か別のターミナルソフト)の名前が入っていることを確認して下さい。もしかしたらPATH込みで、/usr/bin/gnome-terminalと入っているかも知れません。これの後ろに半角スペースを挟み、--geometry=80x24+10+10 &を追記します。
今、実際に試してみたのですが、最後の&はいらなかったかも知れません(あっても問題はないですが)。
あとは数字を適当に変えて好みのウィンドウサイズ、位置に設定して下さい。