少し手間をかける/フォーマットしなおしたくないなら、メディアにループバックマウントなファイルを作っておいて、そのファイルをマウントして同期....という手もあったりして...。
もちろんtarで-pつけてtar玉を作るとか...。

# paxとかでもいいのかな?

petitbootang による投稿:

※ n_saito さん
pax はどう使うと幸せになれますか〜？

(今回は同期が前提で直接関係ないですが)アーカイブファイルを展開・作成するときにファイル名を変換しつつ展開・作成可能とか、アーカイブするファイルの属性を保持の仕方をある程度選べるとか、cpioベースでもアーカイブ可能なので一般の人では即座には展開しにくい形にできるとか、そんなほんの少しのアドバンテージぐらいです。(汗
あとは対話形式があるとかぐらいかな...。

今回は同期前提なのでpaxそのもののアドバンテージはほぼないと思っていますが、tarにしろpaxにしろ、パーミッションがある程度保持/操作可能でタイムスタンプが更新されているものを抽出してアーカイブしなおすことができるアーカイバを使うことが、今回の同期のツボかなと思ってます。

USBメモリとかがベースで考えると、paxとか-zとか-jオプションを使わずにtarでアーカイブしてgpgとかで暗号化しておくと、手間はちょっとかかるけどセキュリティ上はプラスになるという話もあるとは思ってます。
まぁそんな時はbackup-managerを有効活用すると面倒は少ないかもしれませんが。

皆様くわしい解説ありがとうございます。ディバイスのフォーマットのことは全く知らなかったのでとても助かりました。

hitoさん
　フォーマットしても大丈夫なので、早速ext3にフォーマットしてみたいと思っています。ありがとうございます。

petitbootangさん
　貴重な情報ありがとうございます。/dev以下を触ったことがないもので…何となく不安ですが…おもしろうそうなのでやってみたいと思います。ループバックディバイスについては僕もちょっとした解説を読んだぐらいできちんと理解していないのですが、解釈としては、あのいわゆる「普通のファイルをブロックディバイスみたいにみせかける…」みたいな解釈でよいでしょうか？となると、これは逆の発想といいますか…僕がrsyncでコピーしたファイルをパーミッションやオーナーを保持したままディバイスに見せかけて、そのままマウントしてしまう…みたいな理解の仕方で正解でしょうか？まだまだ概念的にわからない部分がありますので…。

siさん
　貴重なアドバイスありがとうございます。ユーザーのIDは全部きちんと揃えたので大丈夫だと思います。いろいろ探していたらnewusersというコマンドがあってpasswdファイルの形式をそのまま使ってユーザーを登録できるコマンドです。
　ユーザーがたくさんある…といいましても僕もの場合は、１０程度なので手打ちでやっても問題ないわけですが（汗）…。
　SELinuxは使っていないので大丈夫です。（使ってなくてよかった……。。）

　皆様いろいろありがとうございます。ちょっとこれからごちょごちょやってみて、後の人たちのためにも事後報告いたします！

皆様いろいろとありがとうございます。
外部のメディアをext3でフォーマットしてみてからrsyncを実行してみました。
結果、ほとんどのファイルは同期されるようになりました。ありがとうございます。
しかし、
rsync: readlink_stat("/home/<管理者ユーザー>/.gvfs") failed: Permission denied (13)
rsync error: some files/attrs were not transferred (see previous errors) (code 23) at main.c(1058) [sender=3.0.5]
というエラーだけでます。
実際.gvfsというディレクトリ（？）は存在していなくて、
…
drwxr-xr-x  2 user user  4096 2009-06-25 20:39 .gstreamer-0.10
-rw-r--r--  1 user user   156 2009-06-25 19:56 .gtk-bookmarks
d?????????  ? ?      ?          ?                ? .gvfs
drwxr-xr-x  2 user user  4096 2009-06-25 00:18 .icons
drwx------  3 user user  4096 2009-06-24 23:38 .local
…
となってしました。調べてみるといろいろな外部のメディアやネットワークの仮想的なマウントポジションになっているそうです。というわけで、これはエラーというエラーではない模様です。いろいろ勉強になりました。
petitbootangさんの詳細な説明がものすごく助かりました。そして皆様いろいろなヒントをありがとうございます。

einundzwanzighundertsechsさん
僕の場合は、SELinuxを使わずにルーターを2つかませてアドレス変換しているのでセキュリティー上は大丈夫かな…と思っていますが、大丈夫でしょうか？さすがに直でインターネットにつないでいる場合は厄介者ゆえにSELinuxを使わないとあぶないぞ…と思っていますが僕の認識は大丈夫でしょうか（汗）？なんかちょっと不安になってきました…。。。
しかし、FC5はもうサポートも切れたし、パッケージのアップデートもほとんどできなくなってきたのでとりあえずバックアップとって早急にUbuntuに完全に切り替える予定です。いろいろアドバイスありがとうございます！

petitbootangさん、いつもありがとうございます。
rsyncはsudoでやってみましたが、結果は同じでした。同様に.gvfsだけコピーされませんでした。
その他のファイルは全部パーミッションもオーナーも同様に保存されています。
オプション-vで表示させると、一番最初に、
rsync: readlink_stat("/home/user/.gvfs") failed: Permission denied (13)
が出てきました。
管理者以外のその他のユーザーはWebサーバーでのみ使っているので.gvfsは生成されていません。。。
よくよく考えてみるとrootに対するPermission deniedっていうのもおかしな話ですよね？なんなんでしょう…。
前回に書いたようにls表示してみると、???だらけのおかしな表示になるのですが、個別に
# ls -la .gvfs
とやると、同様にPermission deniedとなって表示してくれませんでした。
このファイル自体に問題がありそうな気がしてきました。

こんなに早く返事していただいてありがとうございます！
僕も今、いろいろいじっていたら、mountのコマンドで、
binfmt_misc on /proc/sys/fs/binfmt_misc type binfmt_misc (rw,noexec,nosuid,nodev)
gvfs-fuse-daemon on /home/user/.gvfs type fuse.gvfs-fuse-daemon (rw,nosuid,nodev,user=omnioo) ←★これ。
/dev/sdc1 on /media/disk type ext3 (rw,nosuid,nodev,uhelper=hal)
が出てきたで、これは違うなと思ったところです。

いろいろありがとうございます！

rsync は --exculde オプションで.gvfsを非対象にしてエラーメッセージを回避するという手があります。

メディア関連についてですが、/etc/xdg/autostart/gnome-volume-manager.desktop  とかってありませんか?
その中で /usr/lib/gnome-volume-manager/gnome-volume-manager がセッション開始時に起動されていると思います。

GNOMEレベルではコイツが外部メディア関連が接続された場合のmount等をコントロールしているかと。
例えばUSBマスストレージなメディアを複数認識させれば disk, disk1, disk2 などと勝手に作ってくれるようです。
もちろん認識させる順でマウントされるはずですので、固定するならudevとかの設定を変更してデバイスファイルを変えてしまう手もあります。

実際のマウントはhalとかがやってるのかもしれませんが、どこを設定すればマウントポジションを変えられるかは追っていません。(汗

# LSB的には動的にマウントさせるのは/mediaで良かった記憶...。

n_saito による投稿:

rsync は --exculde オプションで.gvfsを非対象にしてエラーメッセージを回避するという手があります。

これでやってみました。ありがとうございます。綺麗に終了するので気持ちがいいです。
マウントする場所の問題ですが…巷でもいろいろ困っている人がいるみたいです。しかし、結局のところUbuntu開発者側ではマウントの場所は/media以下が推奨とのことです。僕もここらで問題なく使えます。
　僕もGUIとCUIを半々ぐらいで中途半端に使っているのでいろいろとわからなくなる部分が多いです。

petitbootang による投稿:

/dev/sdc1 はデバイスファイル名で、/media/disk は中身を見るための仮想ディレクトリです。

　これで（だいたいのところですが…）イメージはつかめました！何せ本当にいろいろとイメージの世界に近いものがあって…。。
たぶんですが、それゆえに/dev/sdc1というディバイスに対してdisk,disk-1…となっているのは、たぶん外部から入ってきたメディアをこのディバイス名でまとめて処理している…ってことなんだろうな…と思いました。物理的には別々の外部メディア（ディバイス）なのですが、ソフト的には同じディバイスの中のフォルダーといいますかディレクトリといいますか…パーテーションといいますか…そんな感じで処理しているみたいです。（と今のところ理解しておくとわかりやすいです。。。違っているかもわかりませんが…（汗））

　マウントポイントについてもいろいろ調べてみました。初心者さんは、皆僕と同様困っているみたいで…いろいろ参考になるページがたくさんありました。この「マウントポイント」という言葉をおしえてもらうだけでかなりの勉強ができました。ありがとうございます。

　しかし、ディバイスまでファイルというのも何だかすごい話ですよね（笑）。僕はずっとMacでPhotoshopやIllustratorでデザインみたいな仕事が主な仕事だったのですが、最近なかなか仕事がなくてWebの仕事が半分以上になり、WebをやっているとphpとかPerlをちょっとぐらいは書けないといけない雰囲気になり、それをやっているうちにApacheを使うようになり…さらにシステムまでやらされるようになり、最後に自宅のPCはFC*とUbuntuとMacとWinが並ぶ始末になってしまいました。そんなわけで、システムはここ数年ちょこちょこしかいじっていないかなりの初心者です。しかも周囲にプログラマーみたいな仲間があまりいないので、これからも、ちょこちょこお邪魔します。よろしくお願いします！

oosamuuy さん、
ストレージ等に関しては、↓こちらに読みやすい記事があるので、参考にしてみてください。
http://japan.zdnet.com/sp/feature/07tenthings/story/0,3800082984,20385360,00.htm