とりあえずrootで試す前に、まずは、アクセス権がどうなっているのか、確認してみると良いかと思います。これにより、原因の予想が違うのか、手段が違うのか、切り分けられます(失敗して再試行するとき、切り分けてあると楽です)

$ ls -ld /var/www/mrtg/index.html

そのうえで、rootにより実行することで解決する場合には、

$ sudo "indexmaker /etc/mrtg.cfg > /var/www/mrtg/index.html"

と、指定する必要があるのではないかと思うところです。
# sudoの引数全体に「""」をつけないと、リダイレクトは、現シェルで処理されて「sudo indexmaker /etc/mrtg.cfg」がコマンドとして実行されることになる・・・・・と思います(rootで生成したファイル内容を、現在のユーザでファイルに書き込んでいる　と)

weyk様、n_saito様　ご回答ありがとうございます。

結論から申しますと、n_saito様からいただきました方法で解決しました。

n_saito による投稿:

思いっきりバッドノウハウですが、パーミッションがないファイルに結果を出力する場合には
sudo indexmaker /etc/mrtg.cfg | sudo tee /var/www/mrtg/index.html
という具合で、パイプとteeコマンドをうまく活用すると良いかと。

weyk様からいただきました方法ですが、そもそも、index.htmlが存在しないことから、いきなり実行したところ、

　sudo "indexmaker /etc/mrtg.cfg > /var/www/mrtg/index.html"
　sudo: indexmaker /etc/mrtg.cfg > /var/www/mrtg/index.html: command not found

となってしまいました。
ちょっと意味があるか分かりませんが、出来たindex.htmlについて、ls -ld /var/www/mrtg/index.html を実行したところ、

　-rw-r--r-- 1 root root 3221 2009-07-01 21:18 /var/www/mrtg/index.html

となりました。

ありがとうございました。