KDE環境は存じませんが、GNOMEの システム＞ディスプレイ は、xorg.conf を書き換えたりはせず、設定を

$HOME/.config/monitors.xml

に記憶しており、何らかのプログラム(gnome-session 関連や gnome-setting-daemon あたり？)が毎起動時にこの xml を読み取って xrandr 相当の設定実行を行っているようです。
※9.04はインストール直後の xorg.conf はファイルサイズが0だったりと、今後 xorg.conf は極力使わない方向のように思えます。

実際に複数ディスプレイ環境で試したわけではないのですが、「複数の画面をミラーする」 にチェックを入れた時の $HOME/.config/monitors.xml には

<monitors version="1">
  <configuration>
      <clone>yes</clone>
      <output name="default">
          <vendor>???</vendor>
          <product>0x0000</product>
          <serial>0x00000000</serial>
          <width>1280</width>
          <height>1024</height>
          <rate>60</rate>
          <x>0</x>
          <y>0</y>
          <rotation>normal</rotation>
          <reflect_x>no</reflect_x>
          <reflect_y>no</reflect_y>
      </output>
  </configuration>
</monitors>

と、 <clone>yes</clone> という箇所がありましたので、これを no に設定したりこの部分を削除したりすると良いように見えます。

いちおうKDEでのデュアル・ディスプレイ（以下では拡張デスクトップとします。英語だとVirtual Screenというらしい）の設定ができたので、レスします。
ちなみに私、グラフィック・ドライバとボード、カード、それぞれの区別がよくわかっていないので、そこらへんのツッコミお願いします。

前回紹介したURLの文書によると、拡張デスクトップのRandRエクステンションが利用できるドライバとして

# the Intel driver on all boards (since 1.9.91),
# the NV driver on G80 boards (since 2.0.95),
# the ATI driver on r200/r300/r400/r500/r600 boards (since 6.7.191) where RandR 1.2 replaces MergedFB,
# the MGA driver on all boards (since 1.9.99)
# the RadeonHD driver on r500/r600 boards (since 1.1)

があげられていました。duさんのATIドライバもこのリストに入っているので、大丈夫かなと思います。

この文書によると、拡張デスクトップで外部モニタをラップトップ・モニターの左に配置したい場合
端末で「(sudo) xrandr --output VGA --left-of LVDS」をすればいいということでしたので、やってみました。
すると、maximumサイズが足りません、みたいなエラーが起こりました。

私の使っているのはintelのグラフィック・ドライバだと思います。。。
intelのグラフィック・カードだと、どうも拡張デスクトップは2048x2048に制限されているようなので、エラーが帰ってきたのでしょう。
（スクリーン解像度の変更 - Sidux Manualsから）
モニターは1600x1200と1024x768なので、合わせると2624x1200の大きさが必要です。
なので、xorg.confに加筆する必要がありました。

文書によると、xorg.confのScreenセクションに以下のように加筆するといいとありました。

Section "Screen"
...
SubSection "Display"
  Depth 24
  Virtual 3000 2000
  EndSubSection
EndSection

たぶん、このVirtualの部分で拡張デスクトップのサイズを指定するみたいですね。
細かく数値を指定する必要がなさそうなので、大まかに「3000x3000」で加筆してみました。
たぶん、拡張デスクトップのサイズは、モニターの解像度に合わせて、自動で設定されるのでしょう。

この状態でXを再起動して、先のコマンドを実行してみたところ、拡張デスクトップとなりました。
この後、システムを再起動して（GDMから）ログインしても、再現されました。

問題点としては
1) ツールバーが表示されるプライマリーモニターがLVDS（ラップトップ）のままで変更ができない
2) ツールバーが表示されないモニターも、上部にツールバー分の空間が確保されてしまい、ウィンドウが持っていけない

たぶんxrandrはGNOMEでもKDEでもXfceでも使えると思うので、お試しください。