次の３通りのいずれかで対処すると思います。

1)php.ini を編集する
2).htaccess を設置する
3)PHP のコードで設定する

レンタルサーバでは可能な方策が限られますが、自前サーバならどれでも対応できますね。
1) は他の PHP を使ったシステムに影響する可能性があるためか 2) で対処する例が増えていると思います。
サーバ全体を Magic3 専用にするなら 1) も良いと思います。

グーグルでヒットしてきたページです。
参考になると思います。

http://php.benscom.com/manual/ja/security.magicquotes.disabling.php

Magic3 に関しては、次のページも参考になるでしょうか？
http://kouryakunote.blogspot.com/2009/03/cmsmagic3-core-server.html

がんばってくださいね。 :)

kinako_mark による投稿:

nikonikoさんありがとうございます。
返事が遅れて申し訳ないです。

kinako_mark さん、どうぞ、お気遣いなく。
ご確認お疲れ様でした。改善してよかったですね。:)