updateはリポジトリからパッケージインデックスファイルを取得し再同期します。この操作はupgradeやinstallを行う前に実施する必要があります。
upgradeは現在インストールされているパッケージ全てを最新版にアップグレードします。文字通りアップグレードしたい時に実行します。