私の認識不足が少々あり、少し間違った記述をしていたようです。
上書きインストールの場合、アカウントをインポートしてもしなくても、アプリケーションやパッケージはすべてシステムデフォルトになります。
つまり、自分でインストールしたものは削除され、元々入っていたものは復活します。
それと、設定ファイルなどが /home 配下にある場合は温存されますが、/usr/lib とか他のディレクトリにあるものは、すべて削除もしくはシステムデフォルトとなりますので、再度自分で設定 ｏｒ 作り直すなどが必要です。

それと、不安定さの度合いにもよりますが、アカウントのインポートをして上書きすると、問題が解決しない場合があります。
その場合は、インポートせずに上書きするしか手はありません。

アカウントをインポートして上書きした場合の違いは、壁紙だとかテーマだとかがそのまま残っているのと、ユーザディレクトリ(デスクトップを含む) にあるファイル等はそのまま残っていることくらいです。
ただそれでも、emerald とか使ってめちゃくちゃカスタマイズしてある場合は、emerald 自体が削除されてしまうので(テーマとかのデータは残ってたと思いますけどね)、ブラウザやアプリのタイトルバーが表示されなくなり、×ボタンや最小化ボタンが無い！とかなって慌てるでしょう。直す方法は簡単ですが・・・。

ただ、ユーザディレクトリはフォーマットさえしなければ、アカウントをインポートしないで上書きしても残ることは同じですし。
特に、X-Window system 絡みで不安定な場合、アカウントのインポートをして上書きをかけると、その不安定さをそのまま引き継いでしまうので、せっかく上書きしたのにやっぱり Ｘ が起動しないとか、ディスプレイの表示がおかしいままということになってしまいます。

個人的には、念のためバックアップを取った上で、インポートなしで上書きしたほうが良いと思います。
今まで上書きをして、ユーザディレクトリが消失したことは一度も無いですけどね。
かれこれ百回以上やってますが(汗 メインで使っているシステム以外は、かなりめちゃくちゃやってわざと壊してるので・・・。

メリットと言われますとねぇ・・・。まぁ、確かに。
ＸＰ を上書きインストールするような感覚でものを言うなら、はっきり言ってどっちでもおんなじようなもんでしょう。
Ｕｂｕｎｔｕ のインストーラはそういう意味では不完全すぎますから。
ただ、一年も使っているなら十分理解されていることと思いますが、/home 以下が残っているか否かでは雲泥の差です。
最初からやり直すにしても、フルスクラッチ(って言い方が正しいか分からないが)になるのと、以前の環境を流用出来るのとでは、めんどくささにおいて天と地ほどの開きですから。

まぁ、remastersys で良好の状態を保存しておくのはオススメです。
それにしても、そんなにシステムが不安定になるほどいじり倒しているのは大変好ましいことですが、メインの環境はあまり無茶をせずに、同一の環境をもう一つ用意して、そこであんなことやこんなことをしたらどうでしょうか？
その場合、仮想化がいいのか実パーティションを使った方がいいのか、kaznon さんのポリシーをきちんと決めてからの方がいいと思いますが。

私の場合、今現在実パーティションを使っているのは Ｕｂｕｎｔｕ9.04 のみで、Ｕｂｕｎｔｕ の他のバージョンや他の OS は、すべて VirtualBox などの仮想マシンです。そのため、/home パーティションが300GB とかアホな数字を使ってますが・・・。大昔からの筋金入りの Unixer から延髄切りを食らわされそうですね(^^;)
でも、物理マシンにインストールしないと上手く動作しない新機能とかが出たときは、まぁやはり気になりますよね。
そんな場合は、私はお試し用に HDD に未アロケート部分を少し残してあるので、そこにインストールしてます。