私は今までそういう状況に陥ったことがないので、うまくいくかわかりませんが、
端末から、下記のように実行して再起動してみた場合、どうでしょうか？

sudo update-grub
sudo grub-install /dev/sda

2 行目はこの場合、意味の無いコマンドかも知れないが・・・。
まぁ、取り敢えずやってみてください。

　何かがわかる、という保証はないのですが、

uname -a

の結果と、menu.lst の内容を張り付けることはできますか？

回答ありがとうございます。

uname　-aの結果を以下に示します。
Linux tadashi-ubunPC 2.6.27-11-generic #1 SMP Thu Jan 29 19:24:39 UTC 2009 i686 GNU/Linux

インストールされているカーネルのバージョンをSynapticで調べる方法は分からなかったので、
/bootフォルダの中身を以下に示します。
System.map-2.6.22-14-generic  initrd.img-2.6.22-14-generic
System.map-2.6.24-21-generic  initrd.img-2.6.22-14-generic.bak
System.map-2.6.27-11-generic  initrd.img-2.6.24-21-generic
System.map-2.6.28-13-generic  initrd.img-2.6.24-21-generic.bak
abi-2.6.22-14-generic         initrd.img-2.6.27-11-generic
abi-2.6.24-21-generic         initrd.img-2.6.28-13-generic
abi-2.6.27-11-generic         memtest86+.bin
abi-2.6.28-13-generic         vmcoreinfo-2.6.27-11-generic
config-2.6.22-14-generic      vmcoreinfo-2.6.28-13-generic
config-2.6.24-21-generic      vmlinuz-2.6.22-14-generic
config-2.6.27-11-generic      vmlinuz-2.6.24-21-generic
config-2.6.28-13-generic      vmlinuz-2.6.27-11-generic
grub                          vmlinuz-2.6.28-13-generic

menu.lstの内容を以下に示します。
# menu.lst - See: grub(8), info grub, update-grub(8)
#            grub-install(8), grub-floppy(8),
#            grub-md5-crypt, /usr/share/doc/grub
#            and /usr/share/doc/grub-doc/.

## default num
# Set the default entry to the entry number NUM. Numbering starts from 0, and
# the entry number 0 is the default if the command is not used.
#
# You can specify 'saved' instead of a number. In this case, the default entry
# is the entry saved with the command 'savedefault'.
# WARNING: If you are using dmraid do not use 'savedefault' or your
# array will desync and will not let you boot your system.
default        4

## timeout sec
# Set a timeout, in SEC seconds, before automatically booting the default entry
# (normally the first entry defined).
timeout        10

## hiddenmenu
# Hides the menu by default (press ESC to see the menu)
#hiddenmenu

# Pretty colours
#color cyan/blue white/blue

## password ['--md5'] passwd
# If used in the first section of a menu file, disable all interactive editing
# control (menu entry editor and command-line)  and entries protected by the
# command 'lock'
# e.g. password topsecret
#      password --md5 $1$gLhU0/$aW78kHK1QfV3P2b2znUoe/
# password topsecret

#
# examples
#
# title        Windows 95/98/NT/2000
# root        (hd0,0)
# makeactive
# chainloader    +1
#
# title        Linux
# root        (hd0,1)
# kernel    /vmlinuz root=/dev/hda2 ro
#

#
# Put static boot stanzas before and/or after AUTOMAGIC KERNEL LIST

### BEGIN AUTOMAGIC KERNELS LIST
## lines between the AUTOMAGIC KERNELS LIST markers will be modified
## by the debian update-grub script except for the default options below

## DO NOT UNCOMMENT THEM, Just edit them to your needs

## ## Start Default Options ##
## default kernel options
## default kernel options for automagic boot options
## If you want special options for specific kernels use kopt_x_y_z
## where x.y.z is kernel version. Minor versions can be omitted.
## e.g. kopt=root=/dev/hda1 ro
##      kopt_2_6_8=root=/dev/hdc1 ro
##      kopt_2_6_8_2_686=root=/dev/hdc2 ro
# kopt=root=UUID=7e61725a-c120-4957-920f-f70ea471b8b6 ro

## default grub root device
## e.g. groot=(hd0,0)
# groot=(hd0,3)

## should update-grub create alternative automagic boot options
## e.g. alternative=true
##      alternative=false
# alternative=true

## should update-grub lock alternative automagic boot options
## e.g. lockalternative=true
##      lockalternative=false
# lockalternative=false

## additional options to use with the default boot option, but not with the
## alternatives
## e.g. defoptions=vga=791 resume=/dev/hda5
# defoptions=quiet splash locale=ja_JP

## should update-grub lock old automagic boot options
## e.g. lockold=false
##      lockold=true
# lockold=false

## Xen hypervisor options to use with the default Xen boot option
# xenhopt=

## Xen Linux kernel options to use with the default Xen boot option
# xenkopt=console=tty0

## altoption boot targets option
## multiple altoptions lines are allowed
## e.g. altoptions=(extra menu suffix) extra boot options
##      altoptions=(recovery) single
# altoptions=(recovery mode) single

## controls how many kernels should be put into the menu.lst
## only counts the first occurence of a kernel, not the
## alternative kernel options
## e.g. howmany=all
##      howmany=7
# howmany=all

## specify if running in Xen domU or have grub detect automatically
## update-grub will ignore non-xen kernels when running in domU and vice versa
## e.g. indomU=detect
##      indomU=true
##      indomU=false
# indomU=detect

## should update-grub create memtest86 boot option
## e.g. memtest86=true
##      memtest86=false
# memtest86=true

## should update-grub adjust the value of the default booted system
## can be true or false
# updatedefaultentry=false

## should update-grub add savedefault to the default options
## can be true or false
# savedefault=false

## ## End Default Options ##

title        Ubuntu 8.10, kernel 2.6.27-11-generic
root        (hd0,3)
kernel        /boot/vmlinuz-2.6.27-11-generic root=UUID=7e61725a-c120-4957-920f-f70ea471b8b6 ro quiet splash locale=ja_JP
initrd        /boot/initrd.img-2.6.27-11-generic
quiet

title        Ubuntu 8.10, kernel 2.6.27-11-generic (recovery mode)
root        (hd0,3)
kernel        /boot/vmlinuz-2.6.27-11-generic root=UUID=7e61725a-c120-4957-920f-f70ea471b8b6 ro  single
initrd        /boot/initrd.img-2.6.27-11-generic

title        Ubuntu 8.10, memtest86+
root        (hd0,3)
kernel        /boot/memtest86+.bin
quiet

### END DEBIAN AUTOMAGIC KERNELS LIST

# This is a divider, added to separate the menu items below from the Debian
# ones.
title        Other operating systems:
root


# This entry automatically added by the Debian installer for a non-linux OS
# on /dev/sda1
title        Microsoft Windows XP Home Edition
root        (hd0,0)
savedefault
makeactive
chainloader    +1

　なるほど、Windows とデュアルブートにされているのですね。defaultはWindows用パーティションの4のままで問題ないかと思います。
　tashiさんのマシンが、現在どういう状態なのかは説明できそうです。どうやらUbuntuのバージョンアップに失敗しています。でも致命的な失敗ではありません。
　以下まずは現在の状態だけ列記します。
・各パッケージは全てUbuntu 9.04 Jaunty Jackalopeのものに入れ替わっている。
・「ローカルバージョンを保持」を選択したために、カーネルのみUbuntu 8.10 Intrepid Ibexのパッケージになっている。
・Ubuntu 9.04 Jaunty Jackalope用のカーネル自体は入っている。

　以上から、アクティブ(という表現でいいのかな？)なカーネルを2.6.28-13にしてやればいいことになります。

# 同じトラブルを経験したことがないので、カーネルの差し替えに関しては先達に委ねたいと思います。

tashiさん による投稿:

やはり、カーネルのバージョン不一致が悪さしてるのでしょうか？

　タイムアウトの件との関連は分かりかねますが、少なくともUbuntu 9.04 Jaunty Jackalope用のパッケージ群がUbuntu 8.10 Intrepid Ibex用のカーネル上で動いているのは、望ましいことではないと思います。

# 恐らく memu.lst を修正してpetitbootangさんのおっしゃっているコマンドを実行すればいい、とは思うのですが
# 状況悪化予防のために、識者からのレスがつくまでしばらく待たれることをお薦めします。

n_saitoさん による投稿:

# たぶんdefaultの数字を5にすれば良かっただけなのでは?と後で気づいて、コメントしたものは当たったもののかなりあてずっぽうだというのがバレバレに...(汗

　defaultは0始まりでは？

確認ですが、起動時の grub のメニュー画面では Ubuntu のバージョンはどうなっていますか？
9.04ですか？ 8.10のままですか？
もし9.04であれば、#6の menu.sl は実際は使われていないものという事になります。
そうであれば、どこかにもう一つ menu.lst があるような気がします。

※規約違反により追放されたユーザの投稿は、ログインユーザにのみ表示されます。

GHO による投稿:

確認ですが、起動時の grub のメニュー画面では Ubuntu のバージョンはどうなっていますか？
9.04ですか？ 8.10のままですか？
もし9.04であれば、#6の menu.sl は実際は使われていないものという事になります。
そうであれば、どこかにもう一つ menu.lst があるような気がします。

GHO様、
現在のgrubのメニューには、menu.lstのtitleどおりに、
Ubuntu 8.10, kernel 2.6.27-11-generic
Ubuntu 8.10, kernel 2.6.27-11-generic(recorvery mode)
Ubuntu 8.10, memtest86+
Microsoft Windows XP Home Edition
が表示されています。

※規約違反により追放されたユーザの投稿は、ログインユーザにのみ表示されます。

kiyosiさん、カーネルの変更方法ありがとうございます。
早速、適用してみました。
結果、問題なく起動しました。

uname -aの結果も、
Linux tadashi-ubunPC 2.6.28-13-generic #45-Ubuntu SMP Tue Jun 30 19:49:51 UTC 2009 i686 GNU/Linux
となっていますので、問題なく正しいカーネルが起動していると思います。

menu.lstの選択方法も教えて頂き、ありがとうございます。
次のバージョンアップ時は、「違いを表示」を選んで見ます。

私の環境では
title  Other operating systems:
root
の行があっても普通にタイムアウトしますのでtashiさんの環境でタイムアウトしない原因は不明のままではないでしょうか。
また、現状のmenu.lstでは本来希望しているデフォルトでWindowsXPが起動せずに2.6.27-11-genericのUbuntuが起動しませんか？
もしそうであればmenu.lstを適当にリネームしてupdate-grubを実行し作り直してみてはどうでしょう。
menu.lstが生成されなけばシステムが変です。
grubパッケージを再インストールしてみましょう。
無事にmenu.lstが生成されればWindows用に
title        Microsoft Windows XP Home Edition
root        (hd0,0)
makeactive
chainloader    +1
をmenu.lstの### BEGIN AUTOMAGIC KERNELS LIST行の前に追加します。

menu.lstの### END DEBIAN AUTOMAGIC KERNELS LIST行以降にWindows用の行を追加する場合は、menu.lstのdefault 0をdefault savedに変更し
title        Microsoft Windows XP Home Edition
root        (hd0,0)
savedefault
makeactive
chainloader    +1
を追加すれば本来の希望する動作になると思います。