少なくとも私の環境では、メモリ1Gで快適に動作していますので、なにかしら動かしているプログラムやドライバに問題があるのではないかと思います。
まずはtopを起動して、メモリを消費しているプロセスを確認して下さい。

Firefoxを使っているだけでリソースを食いつぶしてゆきます。
Swapは時系列で増え続け、レスポンスがそれに連れて低下し続けるのでsysctl.confに割合を0%と記述しました。(実メモリの記述方法はどこへ行ったのでしょう)
面倒なのでチューニングはなるべくしないのですが、必要に迫られています。

Virtualbox、Gimpが時に大量のリソースを消費するので空きメモリ領域を気にしながら使っています。
必ずメモリの消費を気にしながらアプリケーションの数もなるべく抑えるという状況です。
うっかりして、編集中のデータをふいにしたことも何度か。

数年前は3ヶ月立ち上げっぱなしだったPCですが、今はメモリを1.5倍に増設したのに3〜4日で再起動をかけています。

9.04を立ち上げた直後はとても動作が軽くて快適です。
が、9.04のメモリとSwap、変です。

topは日常利用で度々確認します-あまり気にせず済ませたいのですが、する必要を感じています。
1日未満使用くらいで以下です。
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top - 09:19:41 up 18:45,  1 user,  load average: 0.83, 0.45, 0.37
Tasks: 170 total,   2 running, 167 sleeping,   0 stopped,   1 zombie
Cpu(s): 42.1%us,  9.3%sy,  0.0%ni, 47.7%id,  0.0%wa,  0.3%hi,  0.7%si,  0.0%st
Mem:   1544304k total,  1115548k used,   428756k free,    15496k buffers
Swap:  1052216k total,       84k used,  1052132k free,   176060k cached
(vm.swappiness=0でも時々Swapにこぼれてくるのはなぜでしょう?)

USER      NI  VIRT  RES  SHR S %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
kie        0  696m 127m  19m S  2.7  8.5  50:58.37 firefox
root       0  219m 126m 7136 R 40.1  8.4 122:51.72 Xorg
kie        0  257m  92m 4888 S  0.0  6.1   0:42.45 nautilus
kie        0  225m  86m 3548 S  0.0  5.7   2:43.61 java
kie        0  137m  48m  17m S  6.3  3.2   0:23.16 konsole
kie        0  117m  47m 4252 S  0.3  3.1  32:41.36 compiz.real
kie        0 63488  38m 9428 S  0.0  2.6   4:10.90 ruby
kie        0 63976  29m 8372 S  0.0  2.0   0:10.81 basket
kie        0 85912  27m 6968 S  0.0  1.8   0:03.97 python
kie        0 86524  24m 3936 S  0.7  1.6   9:21.92 python
kie        0  667m  20m 3496 S  0.3  1.4   0:55.96 java
kie       19 87720  17m 4012 S  0.0  1.2   0:23.44 python
kie        0  159m  14m 3952 S  0.0  1.0   0:01.75 python
kie        0  141m  14m 3800 S  0.0  1.0   0:04.23 python
kie        0  135m  14m 3556 S  0.0  1.0   0:01.93 python
mysql      0  125m  12m  548 S  0.0  0.8   1:28.37 mysqld
kie        0 64840  11m 3836 S  0.0  0.8   0:55.85 emerald
kie        0  165m  11m 3716 S  0.0  0.8   0:07.76 rox-filer
kie        0  158m  10m 3384 S  0.0  0.7   0:18.94 awn-applet-acti
kie        0  128m  10m 3448 S  0.0  0.7   0:09.15 awn-applet-acti
kie        0 48340  10m 3816 S  0.0  0.7   2:38.34 kaffeine
kie        0 61700 9780 4556 S  0.0  0.6   1:14.36 awn
kie        0  110m 8836 3424 S  0.0  0.6   1:30.86 lxpanel
kie        0  108m 8764 2824 S  0.0  0.6   0:03.14 update-notifier

vm.swappiness=0はSwapの発生を置きにくくするだけで、禁止するものではないと思います。
topの状況からするとメモリ不足になっている様子はなさそうですし、Swapに頻繁にアクセスが発生する状態のようには見えないです。firefixがこのあとメモリを食いつぶし続けるという話である場合、firefoxのAdd-onかなにかがメモリをリークしている可能性もありますが、今回の情報からだけではなんとも言い難いです。
今は再現しなくなっているのでしょうか。もし再現するようであれば、その状態でのtopを投稿下さい。
なおVirtualboxは仮想マシンに割り当てるメモリ＋αのメモリを使用するためホスト環境が1.5Gメモリの場合、512Mから最大でも768M程度の割り当てにするべきでしょう。もし、これより多いメモリを割り当てている場合、ホスト側のメモリの増強が必要と考えます。

hmatsueさん
>>vm.swappiness=0はSwapの発生を置きにくくするだけで、禁止するものではないと思います。
ですか、成る程です。

>>Swapに頻繁にアクセスが発生する状態のようには見えないです。
今はvm.swappiness=0ですので、計測をやり直して再提出します。

Virtualboxは1GBの時は256MB、1.5GBの時も256MBほどの割り当てメモリです。
が、9.04になってからHDが激しくコリコリ回りレスポンスが悪くなり、使うのを断念しました。今は別のPCでVirtualboxを使っています。

ryさん
>>少なくとも数時間から十数時間おきに数回以上採った結果を比較する必要があります
/etc/sysctl.confも戻して、計測をやり直してみます。