/tmp は一時作業用のファイルが置かれるところですので、終了すると消えます。
インストーラーはインストール後は不要なので/tmpに解凍するようにジャストシステムが解説しているのでしょう。
消えるのが嫌なら他のディレクトリに解凍すればいいです。

uesakaさん による投稿:

どのようなディレクトリにコピーしたら良いでしょうか　
root/ATOKX3の中でも良いですか。

はい、別にどんなディレクトリでもいいです。
でも、不要なファイルがそんなところに残るのはなんとなく嫌ではないですか？
おそらく多くの人はホームディレクトリ内のどこかに保存すると思います。

例えばATOK X3 for Linuxのファイルの保存先を
/home/hoge/atokx3/ (hogeはユーザー名に置き換えて下さい。）
などにしてはいかがでしょうか？
ホームディレクトリ内ならファイルブラウザ上でフォルダを作ればいいので簡単です。

老婆心ながら、インストーラーの保存先を変えた場合はインストールのコマンドも変わります。
ジャストシステムのマニュアルの
$ cd /tmp/atokx3
$ tar xzf atokx3.tar.gz
の部分は
$ cd ~/atokx3
$ tar xzf atokx3.tar.gz
にします。

$ cd /tmp/atokx3/ATOKX3
$ sudo bash ./setupatok_deb.sh
の部分が
$ cd ~/atokx3/ATOKX3
$ sudo bash ./setupatok_deb.sh
になります。
他はマニュアル通りで。


蛇足ですが
/がルートの意味ですから
root/tmp/ATOKX3とはいいません。/tmp/ATOKX3といいます。

こんにちは、連絡遅くなってごめんなさい。
今、事細かに説明する暇がないので
http://support.justsystems.com/faq/1032/app/servlet/qadoc?QID=044609
の
II ダウンロード版のATOK X3 for Linuxをお持ちの場合
をお読み下さい。
uesakaさんの場合は当該ページの
/tmp/atokx3
という部分を、
~/ATOKX3
に置き換えていただければいいです。他はマニュアル通りです。

なお、マニュアルではコンソールでのインストールを指示されてますが、
GUI上の端末での操作で大丈夫です。（保証は致しかねますが）
この方がHPのコマンドをコピペでやれるので簡単です。