Fedora 11 では IPA フォント otf 版が rpm パッケージ化されましたが，
同じくアルファベットが全角で表示されるようで ~/.fonts.conf で使用しないように設定してます．
解決策ではありませんが，その時に書いたテストプラグラム(元々は Xft の実験用)を参考のため投稿します．

また，dvipdf で pdf ファイルに埋め込むと ttf 版に比べサイズが2倍以上増大し，
それを Mac OS に持っていってプレビューで開くとフリーズします．

#include <X11/Xlib.h>
#include <X11/Xft/Xft.h>
#include <stdio.h>
/*
コンパイル:
    $ gcc -Wall ソース.c -o 実行ファイル -lXft -I/usr/include/freetype2
使用方法:
    $ 実行ファイル [フォント名 [表示テキスト]]
    フォント名には IPAPMincho 等を指定
*/
#define FONTNAME "IPAMincho-16"
#define FONTLFD  "-misc-IPAMincho-medium-r-normal--16-*-*-*-c-0-jisx0208.1983-0"
#define TEXT "\"犍陀多\""

int
main(int argc, char* argv[])
{
  char *fontname = argc <= 1 ? FONTNAME : argv[1];
  char *text = argc <= 2 ? TEXT : argv[2];
  XEvent e;
  Display *d = XOpenDisplay(NULL);
  int s = DefaultScreen(d);

  Visual *v = DefaultVisual(d, s);
  Colormap c = DefaultColormap(d, s);
  int black = BlackPixel(d, s), white = WhitePixel(d, s);
  Window w = XCreateSimpleWindow(d, RootWindow(d, s), 100, 100, 320, 240, 2, black, white);
  XftDraw *draw = XftDrawCreate(d, w, v, c);
  XftFont *font = XftFontOpenName(d, s, fontname);
  // XftFont *font = XftFontOpenXlfd(d, s, FONTLFD);
  XftColor color;
  XftColorAllocName(d, v, c, "black", &color );

  XSelectInput(d, w, ExposureMask);
  XMapWindow(d, w);
  while(1)
    {
      XNextEvent(d, &e);
      switch(e.type)
        {
        case Expose:
          XftDrawStringUtf8(draw, &color, font,  20, 100, (unsigned char*)text, strlen(text));
          break;
        }
   }
  XftFontClose(d, font);
  XftDrawDestroy(draw);
  XCloseDisplay(d);
  return 0;
}

また書き忘れました．ttf と比べて otf の表示がおかしく感じるのはあくまで Fedora 11 で，
Ubuntu では IPAPMincho を指定したとき，" と 犍 の間に空白が開きますが，それは ttf の時からでした．
ubuntu では ~/.fonts/ に IPA フォント otf 版を展開して，
~/.fonts/IPAfont00301/ipa*.otf
のパスになってます．

どのフォントファイルが使用されるかは

$ fc-match IPAMincho
ipam.otf: "IPAMincho" "Regular"

で確かめられます．

コメントありがとうございます。

petitbootang による投稿:

外観の設定 -> フォントから、すべて IPA ゴシックに変更し、Thunderbird も IPA に変えてみましたがちゃんと表示されています。

とありましたが、どうもフォントがおかしくなるのは私の使っているソフトの中ではSunbirdだけみたいです。Thunderbirdは普通です。
またEmacs Snapshotは一部分だけみたいです。具体的にどうなりかと書くとファイル( F )みたいになります。

これを書きながら設定をいじっているときに気づいたのですが、[外観の設定]から[アプリケーションのフォント]を英字(Bitstream等)のフォントに変えたら正常になりました。

einundzwanzighundertsechs による投稿:

同じくアルファベットが全角で表示されるようで ~/.fonts.conf で使用しないように設定してます．

気が向いたら、~/.fonts.confで、何とかしてみようと思います。

一応。解決出来ました。ありがとうございました。

これを書きながら設定をいじっているときに気づいたのですが、[外観の設定]から[アプリケーションのフォント]を英字(Bitstream等)のフォントに変えたら正常になりました。

私はアプリケーションのフォントを IPA モナーフォントに戻すことで対処しました。

実は、下記からダウンロードするとき、何らかの競合等があるといけないと思い、日本語環境セットアップヘルパからインストールした IPA モナーフォントをアンインストールしておいたのですがそれは杞憂でした。
http://ossipedia.ipa.go.jp/ipafont/
再インストールしてもまったく問題なく共存してますし(当たり前か)、見た目もまぁほとんど変わりが無いので(私の目で見てですが・・・)、取り敢えず満足してます。

・・・でも、"アプリケーションのフォント" で指定出来ない(ごく一部のために)と言うことは、あまり意味が無い気もしますね。
実質的にこの設定がかなり広範囲に渡って司っていますし。

einundzwanzighundertsechs さん による投稿:

モナーフォントだと jisx0213 の漢字が出ないのです．
芥川の「蜘蛛の糸」の主人公の名「犍陀多」を漢字で出せるフォントをテストすることでした．
/* 小栗虫太郎とか夢野久作とか，その種の漢字がてんこ盛りなんですよね */

そぉーなんですよねぇ！！！
私もその辺については十分認識していますが、まぁ普段そう使う分けでもないし・・・と一応折り合いを付けましたが。
でも、使いたいときに使えないと、かなりのフラストレーションですよねぇ・・・。たった、一字でも！
もうホント、フォントに関してはいい加減どうにかなりませんかねぇー。

einundzwanzighundertsechs さん

あー、今再度確かめてみましたが、うちでは問題なく表示されてますね。
犍陀多。IPA モナーを指定していても。"ウシ" に 建築の "ケン" ですよね。
それとも、うちの何らかの設定がおかしいのかなぁ・・・。
kandata フォントをインストールすれば、どの環境でも表示出来る(はず)なのは良く知られていますが・・・。

私がインストールしているもなーは、日本語環境セットアップヘルパからのものです。
今、再度確認してみましたが、バージョン自体は同じなので、多分フォント自体はどちらも同じものですよね。

petit@petit-laptop:~$ dpkg -l | grep mona
ii  adobereader-jpn-ipamonafont                1.0.4-0ubuntu0ja2                         Setup IPA Mona Font for Adobe Reader
ii  opfc-modulehp-ipamonafont-otf-source       1.1.1+1.0.4-0ubuntu0ja1                   HP vector driver source with IPA Mona Font
ii  opfc-modulehp-ipamonafont-source           1.1.1+1.0.8-0ubuntu0ja1                   HP vector driver source with IPA Mona Font
ii  ttf-ipamonafont                            release1.0.8-0ubuntu0ja2                  Setup script for IPA Mona Font

ただ、このあたりでやっぱり違いがあるかもですね。
私のところではどのアプリケーションでもトーフにはなりません。

- パッケージ化されたものは代替フォントの設定がある？
- GTK アプリケーション等には，よりソフィストケートされたフォントの仕組みがある？