テーマによって、うまく透過するものとしない物があるようです。
なので、どんなテーマを使っていて、そういう症状になっているか、という風に書いておくと、
答える人も、答えやすいと思います。

ちなみに、僕は、Human-Clearlooksで、パネルを透過させていますが、
問題なく、すべて透過されて表示できています。

そのMac4Lin 0.4ですが、どこから入手したものですか？
雑誌の付録などに付いていたテーマで、ウィンドウからアイコンなど、全部載せ状態のテーマパッケージだったんでしょうか？
それとも、Gnome-Look.orgとかから拾ってきました？
後者(Gnome-Look.org経由)だと、アイコンのテーマ、ウィンドウマネージャのテーマ、などなど、
全部、バラバラに配布されているようなので、全部揃えてインストールしないと、
思ったとおりの見た目にならないはずです。

おそらく時計や通知領域が透過しないのも、
それ用のアイコンテーマが足りてないんではないかと思いますが、いかがですか？

参考ページ、見させてもらいました。
で、所々のスクリーンショットを見る限り、Mac4Linの『コントロール』の部分が透過に対応してないんじゃないでしょうか？
参考ページのテーマのカスタマイズ画面

外観の設定に戻った後、"その他"を選択した状態で、"カスタマイズ"をクリックします。

の後のスクリーンショットの、『コントロール』タブを開いて、Mac4Linを選択している箇所ですが、
あそこで、なるべく色味の似た、違うテーマを選んでみてください。
通知領域やアプレット下が透過しないのは、多分、そのパーツのせいです。

レスありがとうございます。違うコントロールのテーマにしたら透過しました！ありがとうございます。
ところで
http://phoenix-ani.blogspot.com/2009/06/mac4lin-ver10-released.html
↑ここのサイトにMac4Linのv1.0がリリースされたと書いてあるのですが
どうやってダウンロードすればいいのでしょうか・・・

連レス失礼します。
テーマのところのMac4Linのテーマを選択すると”このテーマは必要となるGTK＋のテーマエンジンがインストールされていないため、意図したように正しく表示されないでしょう”
と表示されていますが、このことと透過しないのはなにか関係があるのでしょうか？

#10のエラーメッセージに出くわしたことが無いもので、いろいろググってましたが、
解決したようで何よりです:)

Ubuntuのメインメニュー『システム』→『設定』→『サウンド』で、『効果音の設定』という設定画面が現れるので、その画面の『サウンド』タブを開くと、そこに、ログイン、ログアウトなどの効果音の設定ができる項目があります。そこで、自分が鳴らしたいサウンドファイルを指定してやればOKなはずです。

ついでにもう一つ。その辺のサウンドファイルというのは、/usr/share/sounds/辺りに置いてあります。