私もgimp-painterを導入したこともないので、一般論から述べます。

提示された内容では、貴君と同様にgimp-painterをdownloadして、
コンパイルしないと皆目わかりません。

端末でgimpフォルダに入り、$ ls -a でファイルを表示させてください。
1. 親切設計の場合
　$ sudo make uninstall
　　note: アンインストールが用意されているときです。
2. 普通はこちらで、configureおよびMakefileがある場合
　# ./configure　　or　 $ sudo ./configure
　　note:スクリプトファイルを実行して、自分のマシン環境に合わせたMakefileが作成されます。
　　　　　このMakefileにコンパイル条件やインストール先のデイレクトリ情報が記載されています。

　即ち、Makefileの#から始まるコメント行にそれらの詳しい情報が記述されているので、参照すれば
　自ずとどうすれば削除できるかが判明します。
　　$ gksu gedit Makefile

　内容が理解できないときは、その箇所をcopy&pastされれば、どなたかが助けてくれると思います。

P.S.
余計かもしれませんが、gimp-painterの導入方法を書きます。
1.端末で$ sudo apt-get build-dep gimpコマンドを入力
2.gimp-2.6.6.tar.bz2をダウンロードし解凍
3.gimp-painter--20090321.diffをダウンロード

4.適当なフォルダを作成し、解凍したgimpフォルダを入れて、さらにgimpフォルダにdiffファイルを入れる
5.端末でgimpフォルダに入り、(cdコマンド)
patch -p1 < gimp-painter--20090321.diff　コマンドを打つ

6.$ sudo ./configure　を実行
7.$ sudo make　を実行（時間がかかる）
8.$ sudo make install　でインストール。
9.再起動

6を実行後に5のginpフォルダにmakeファイルが。

あと端末から５同様カレントディレクトリをginpフォルダに移動して
$ sudo make uninstall
を試してください。
すでにフォルダが無ければ上記手順の
２、5.端末でgimpフォルダに入り、(cdコマンド)、６、
を行い　make uninstall

hir0さんの言う通り、実効したらアンインストールが出きるようになりました。
最初インストールした時は、解凍したフォルダは用済みと思って削除していました。
Windowsとは操作が細かい所で違うんですね。おかげで大変勉強になりました。

どうもありがとうございました。