基本的には手順書がなければそういったインストールは選択されないと思いますので、きちんと「元のフラグの場所」は控えるように明記はすべきだとは思います。
インストーラの指示や表示に従うだけだと、普通にWindowsが起動しますから。
うっかり説明をスルーした場合でもMBRのバックアップをしていればファイルから元のフラグがどこだったかを知ることも出来そうです。
どっちも駄目なら…頭から総当たり？

例で上がっているものは「本当はどういう挙動なのか」は気になりますね。
PC/ATのブートストラップローダとしては、ブートフラグのパーティションに処理を移さないと駄目なはずなんですけど。
リカバリパーティション自体に選択部分が存在し、何も押されなければWindowsをチェインロードっていうのが素直な実装の気はするのですが。

まぁ、その場合でもNTLDRにgurbの場所を教えてやるとか、インストールした物を利用する手は有るので、致命的なリスクにはならないとは思いますけれど。

一つトラップが有ったのを思い出したので、一応補足。
vistaはWindows以外がアクティブだと、インストールできないという制限があります。
リカバリの場合は問題がないと思われますが、組み立てなど、普通のDSP版などだと、Vistaのみ再インストールしようとして首をかしげることになる可能性もあります。
ですので、再インストールを行う場合は、フラグを元の場所に戻してやるということも何からかの形で情報を使う場合併記された方が良いかもしれません。