ソフトウェアによっては使うサウンドデバイスを選択できるかも知れませんが、オンボードサウンドが必要でないならそちらを止めてしまえば簡単でよいかと思います。アプリケーション->アクセサリ->端末を開き、

lsmod

と入力して下さい。
現時点で、両方のデバイスが動いていれば、いらない方を/etc/modprobe.d/blacklist.confの最後に追記してロードしないようにしてしまえばよいです。
書式は、blacklist [loadしないモジュール名]です。
どれをロードしないようにすればよいか迷うようであれば、lsmodの結果を投稿して下さい。